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万見
- PDB-7epm: human LDHC complexed with NAD+ and ethylamino acetic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7epm
タイトルhuman LDHC complexed with NAD+ and ethylamino acetic acid
要素L-lactate dehydrogenase C chain
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate biosynthetic process from pyruvate / lactate oxidation / flagellated sperm motility / ATP biosynthetic process / ピルビン酸 / 乳酸脱水素酵素 / L-lactate dehydrogenase activity / 繊毛 / carbohydrate metabolic process / extracellular exosome ...lactate biosynthetic process from pyruvate / lactate oxidation / flagellated sperm motility / ATP biosynthetic process / ピルビン酸 / 乳酸脱水素酵素 / L-lactate dehydrogenase activity / 繊毛 / carbohydrate metabolic process / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase active site. / 乳酸脱水素酵素 / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethanoic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase C chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yu, Y. / Chen, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2022
タイトル: Identification of human LDHC4 as a potential target for anticancer drug discovery.
著者: Tan, H. / Wang, H. / Ma, J. / Deng, H. / He, Q. / Chen, Q. / Zhang, Q.
履歴
登録2021年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase C chain
B: L-lactate dehydrogenase C chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,48215
ポリマ－75,0572
非ポリマー2,42613
水48627
1
A: L-lactate dehydrogenase C chain
B: L-lactate dehydrogenase C chain
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase C chain
B: L-lactate dehydrogenase C chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,96530
ポリマ－150,1144
非ポリマー4,85126
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area29030 Å2
ΔGint-363 kcal/mol
Surface area42800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.891, 177.891, 179.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)

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要素

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase C chain / LDH-C / Cancer/testis antigen 32 / CT32 / LDH testis subunit / LDH-X


分子量: 37528.379 Da / 分子数: 2 / 変異: L55E, I331Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHC, LDH3, LDHX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07864, 乳酸脱水素酵素
#2: 化合物 ChemComp-J9X / 2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethanoic acid


分子量: 117.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.998→50 Å / Num. obs: 34121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.3 % / Biso Wilson estimate: 60.94 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.998→3.07 Å / Num. unique obs: 2229 / CC1/2: 0.602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I10

1i10


解像度: 3→44.47 Å / SU ML: 0.3397 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1358 4.04 %
Rwork0.2035 32279 -
obs0.2044 33637 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→44.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5076 0 149 27 5252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01055303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18787195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.85283132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.110.35031270.31742996X-RAY DIFFRACTION93.92
3.11-3.230.30611470.29893175X-RAY DIFFRACTION99.43
3.23-3.380.29791250.26653225X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.550.24691180.24643241X-RAY DIFFRACTION99.91
3.55-3.780.2711310.21643230X-RAY DIFFRACTION99.82
3.78-4.070.22071490.19623222X-RAY DIFFRACTION99.88
4.07-4.480.19791170.1673270X-RAY DIFFRACTION99.88
4.48-5.120.18931490.16163272X-RAY DIFFRACTION99.8
5.12-6.450.21981440.19773317X-RAY DIFFRACTION99.63
6.45-44.470.18371510.16983331X-RAY DIFFRACTION95.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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