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- PDB-7ep7: The complex structure of Gpsm2 and Whirlin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ep7
タイトルThe complex structure of Gpsm2 and Whirlin
要素
  • G-protein-signaling modulator 2
  • Whirlin
キーワードPROTEIN BINDING / Gpsm2 / Whirlin / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


paranodal junction maintenance / periciliary membrane compartment / stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / sensory perception of light stimulus ...paranodal junction maintenance / periciliary membrane compartment / stereocilia ankle link / USH2 complex / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / lateral cell cortex / cell cortex region / maintenance of centrosome location / sensory perception of light stimulus / cerebellar Purkinje cell layer formation / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / G alpha (i) signalling events / positive regulation of spindle assembly / stereocilium / response to light intensity / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / GDP-dissociation inhibitor activity / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / mitotic spindle pole / dynein complex binding / establishment of mitotic spindle orientation / G-protein alpha-subunit binding / lateral plasma membrane / positive regulation of protein localization to cell cortex / photoreceptor inner segment / regulation of mitotic spindle organization / mitotic spindle organization / establishment of localization in cell / actin filament / sensory perception of sound / establishment of protein localization / growth cone / cell cortex / postsynaptic density / ciliary basal body / cilium / protein domain specific binding / cell division / nucleotide binding / synapse / centrosome / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Whirlin / : / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Whirlin / : / : / : / GoLoco motif / GoLoco motif / GoLoco/GPR motif profile. / LGN motif, putative GEFs specific for G-alpha GTPases / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / PDZ domain / Tetratricopeptide repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein-signaling modulator 2 / Whirlin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lin, L. / Shi, Y. / Wang, C. / Zhu, J.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Promotion of row 1-specific tip complex condensates by Gpsm2-G alpha i provides insights into row identity of the tallest stereocilia.
著者: Shi, Y. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein-signaling modulator 2
B: Whirlin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0062
ポリマ－41,0062
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.885, 91.885, 177.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 G-protein-signaling modulator 2 / Pins homolog


分子量: 37497.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpsm2, Lgn, Pins / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDU0
#2: タンパク質・ペプチド Whirlin / Autosomal recessive deafness type 31 protein


分子量: 3507.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WHRN, DFNB31, KIAA1526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P202
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Ammonium tartrate dibasic, 0.1 M Tris, pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.94 Å / Num. obs: 14324 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 15.93 % / Biso Wilson estimate: 73.68 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.6916.521.531.813930.7791.57999.71
2.69-2.816.061.0482.513850.8671.083100
2.8-2.9316.290.6714.113930.9490.692100
2.93-3.0816.350.446.314100.9740.454100
3.08-3.2716.520.3029.214080.9890.311100
3.27-3.5215.850.1715.314090.9970.175100
3.52-3.8816.020.11522.914230.9980.118100
3.88-4.4415.870.06438.314430.9990.066100
4.44-5.5915.780.05642.114640.9990.058100
5.59-45.9414.240.02575.9159610.02699.94

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ro2

3ro2


解像度: 2.6→45.94 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 1433 10.01 %
Rwork0.2308 12888 -
obs0.2362 14321 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 179.59 Å2 / Biso mean: 85.0688 Å2 / Biso min: 34.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 0 0 31 2557
Biso mean---71.17 -
残基数----342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.690.43211390.352812531392
2.69-2.80.39661390.327912441383
2.8-2.920.3131390.275812541393
2.93-3.080.28761410.253212691410
3.08-3.270.30421410.259612661407
3.27-3.520.29381410.250112671408
3.52-3.880.31631430.228912821425
3.88-4.440.2741430.211612981441
4.44-5.590.29491470.234413191466
5.59-45.940.23711600.200614361596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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