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- PDB-7eoz: The structure of rice Defective Pollen Wall (DPW) in the complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eoz
タイトルThe structure of rice Defective Pollen Wall (DPW) in the complex with its cofactor NADP
要素Fatty acyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acyl carrier protein reductase / UDP-glucose epimerase / lipid and sugar metabolisms / NADP+ / plant / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol-forming fatty acyl-CoA reductase / alcohol-forming very long-chain fatty acyl-CoA reductase activity / alcohol-forming long-chain fatty acyl-CoA reductase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fatty acyl-CoA reductase / Fatty acyl-CoA reductase, C-terminal / Male sterility protein / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Fatty acyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yan, L.M. / Wang, W. / Li, G. / Wang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Defective Pollen Wall Bridges Lipid and Sugar Metabolisms in Plant Male Reproductive Development
著者: Wang, W. / Li, G. / Wang, J. / Yan, L.M.
履歴
登録2021年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acyl-CoA reductase
B: Fatty acyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4144
ポリマ－115,9272
非ポリマー1,4872
水1,53185
1
A: Fatty acyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7072
ポリマ－57,9641
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7072
ポリマ－57,9641
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)222.814, 222.814, 114.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fatty acyl-CoA reductase


分子量: 57963.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: OSJNBa0091P11.14, Os03g0167600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0DUU1, alcohol-forming fatty acyl-CoA reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 2.8 M sodium formate, pH 7.0, 0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 48784 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 5.755 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 540754
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.3610.90.78824112.7981100
3.36-3.42110.64724173.021100
3.42-3.48110.5624512.9231100
3.48-3.5511.10.44124303.3461100
3.55-3.6311.10.42324343.4871100
3.63-3.7211.30.29724353.7271100
3.72-3.8111.20.31424254.0021100
3.81-3.9111.30.23724413.9651100
3.91-4.0311.20.22223954.5431100
4.03-4.1611.20.18724615.5051100
4.16-4.3111.30.16624316.21100
4.31-4.4811.20.14124566.5881100
4.48-4.6811.20.12824167.4151100
4.68-4.9311.20.1224557.5311100
4.93-5.2411.30.11624618.1261100
5.24-5.6411.30.10924317.2841100
5.64-6.2111.30.09324786.6361100
6.21-7.111.30.08224537.1351100
7.1-8.94110.06424818.108199.9
8.94-509.40.057242213.847195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 15.94 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 2223 5.1 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1938 41278 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 264.51 Å2 / Biso mean: 94.95 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7435 0 96 85 7616
Biso mean--85.98 88.72 -
残基数----955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0137692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0157248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.181.64210417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3291.57916639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.0955949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31821.418409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.142151265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3631558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021813
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 166 -
Rwork0.349 3018 -
all-3184 -
obs--96.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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