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万見
- PDB-7eof: Structure of CCDC25-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eof
タイトルStructure of CCDC25-DNA complex
要素
  • Coiled-coil domain-containing protein 25
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CCDC25 / NETs / NET-DNA binding / nucleosome binding / cancer / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell motility / endomembrane system / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jlp2/Ccd25 / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Coiled-coil domain-containing protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.733 Å
データ登録者Liu, Y.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CCDC25-DNA complex
著者: Liu, Y.R.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*T)-3')
B: Coiled-coil domain-containing protein 25
A: Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8794
ポリマ－57,8794
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.028, 74.795, 103.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4888.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*T)-3')


分子量: 4906.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量: 24042.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WR0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M MES, 10% isopropanol, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→40 Å / Num. obs: 13026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 45.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.987 / Num. unique obs: 1182

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10-2155精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: de novo predition

解像度: 2.733→35.177 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 663 5.09 %
Rwork0.2294 12363 -
obs0.2312 13026 82.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.94 Å2 / Biso mean: 62.5144 Å2 / Biso min: 19.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.733→35.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2961 650 0 0 3611
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5435157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8342187
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.733-2.94360.3994370.339282128
2.9436-3.23960.36581390.2921247184
3.2396-3.7080.28541470.24312969100
3.708-4.66990.21891870.20222970100
4.6699-35.1770.23991530.21313132100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55660.4955-0.3931.56770.78424.20270.81830.5317-0.11830.74220.03120.22310.28851.1207-0.41.3274-0.14410.22811.09440.00990.325620.829236.746952.2327
21.7256-0.0887-0.18350.77711.82865.00960.67410.6396-0.22360.5244-0.37770.16080.47380.8278-0.16841.0344-0.0271-0.0280.960.08160.392518.209937.051549.4003
34.73480.68210.00433.7991-1.77261.8323-0.00170.014-0.1472-0.18440.35740.5549-0.0912-0.2611-0.28290.2009-0.03420.00420.33520.09320.3024-21.672750.588834.8058
42.69990.0071-0.99591.50570.43193.5324-0.03840.0867-1.01640.00350.2601-0.03320.49240.0769-0.09970.3047-0.0349-0.07870.26390.03630.8278-11.876227.712931.5061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 1 through 16)C1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 1 through 16)D1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 1 through 181)B1 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and resid 1 through 180)A1 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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