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- PDB-7eoe: Crystal structure of CCDC25 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eoe
タイトルCrystal structure of CCDC25 homodimer
要素Coiled-coil domain-containing protein 25
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CCDC25 / NETs / NET-DNA / DNA sensor / nucleosome binding
機能・相同性Jlp2/Ccd25 / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / positive regulation of cell motility / endomembrane system / DNA binding / plasma membrane / Coiled-coil domain-containing protein 25
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, Y.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CCDC25 homodimer
著者: Liu, Y.R.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil domain-containing protein 25
B: Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4602
ポリマ－45,4602
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.192, 47.730, 83.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...
21(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVAL(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 1014 - 23
12SERSERLYSLYS(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA12 - 2325 - 36
13TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA2437
14METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
15METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
16METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
17METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
18METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
19METMETGLUGLU(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...AA1 - 17214 - 185
21METMETVALVAL(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 1014 - 23
22SERSERLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB12 - 2325 - 36
23TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB2437
24METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188
25METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188
26METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188
27METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188
28METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188
29METMETLYSLYS(chain B and (resseq 1:10 or resseq 12:23 or (resid...BB1 - 17514 - 188

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要素

#1: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量: 22730.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WR0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M CHES 9.5, 50% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 9735 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 46.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Num. unique obs: 820

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.10-2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: de novo prediction

解像度: 2.9→27.1973 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 444 4.9 %
Rwork0.2508 8615 -
obs0.2526 9059 93.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.9 Å2 / Biso mean: 37.0871 Å2 / Biso min: 14.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→27.1973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 0 6 2858
Biso mean---21.04 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6343897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2591797
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1479X-RAY DIFFRACTION7.185TORSIONAL
12B1479X-RAY DIFFRACTION7.185TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9002-3.31920.34031230.294249282
3.3192-4.17940.31981750.2535300299
4.1794-27.19730.23721460.23333121100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.82080.253-1.25542.7769-0.54352.0826-0.0772-0.0480.1970.02650.1862-0.0054-0.0791-0.1044-0.10430.32820.021-0.00720.2918-0.00260.27417.079810.20637.3281
20.84040.03920.42391.6286-0.13515.05090.01170.0693-0.0758-0.00690.0981-0.02830.13020.0922-0.09490.2261-0.0230.03150.2983-0.03420.35879.9143-11.77219.8016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 172)A1 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 175)B1 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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