PDB-7eoa: HR-PETase from Bacterium HR29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eoa

タイトル

HR-PETase from Bacterium HR29

要素

Poly(Ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PETase

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

bacterium HR29 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Wang, J. / Wang, Y.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bomgl, a monoacylglycerol lipase from marine Bacillus
著者: Wang, Y.H. / Wang, J. / Lan, D.M.

履歴

登録	2021年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eoa.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eoa.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eoa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eoa_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eoa_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	7eoa_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7eoa_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eoa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e04C 7e0vC 4eb0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (3)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(Ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.490, 52.490, 197.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Poly(Ethylene terephthalate) hydrolase 分子量: 27944.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) bacterium HR29 (バクテリア) / 遺伝子: HRbin29_00073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2H5Z9R5, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL 分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.4, ethanol 19.5% (v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→27.84 Å / Num. obs: 78799 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 1.24→1.27 Å / R_merge(I) obs: 0.428 / Num. unique obs: 5427 / CC_1/2: 0.908 / R_pim(I) all: 0.223 / R_rim(I) all: 0.428

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EB0

4eb0

解像度: 1.24→20.52 Å / SU ML: 0.0982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6031
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	3923	4.98 %
R_work	0.1677	74846	-
obs	0.1687	78769	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→20.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1971	0	6	390	2367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	2028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8971	2775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0778	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3054	284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.26	0.2607	109	0.2664	2444	X-RAY DIFFRACTION	92.3
1.26-1.27	0.2382	122	0.2523	2542	X-RAY DIFFRACTION	96.03
1.27-1.29	0.2519	125	0.2235	2617	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.29-1.31	0.2936	125	0.275	2571	X-RAY DIFFRACTION	96.8
1.31-1.32	0.2398	160	0.195	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.32-1.34	0.1991	132	0.1874	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.34-1.36	0.2031	130	0.1866	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.36-1.39	0.1815	153	0.1779	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.39-1.41	0.2184	138	0.1668	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.44	0.1998	148	0.1689	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.44-1.46	0.1796	145	0.1721	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.46-1.49	0.2157	140	0.1695	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.49-1.53	0.1799	139	0.1662	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.1774	155	0.1673	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.1824	147	0.163	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1899	130	0.1706	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.64-1.69	0.1972	120	0.1702	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.75	0.187	126	0.1674	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.81	0.1898	151	0.1717	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.88	0.1823	151	0.1634	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.97	0.1747	131	0.1697	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.07	0.1654	146	0.1645	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.2	0.1887	162	0.1661	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.37	0.1985	143	0.1663	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.61	0.1657	139	0.1719	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.99	0.1933	155	0.1749	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.76	0.1568	144	0.1564	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-20.52	0.2012	157	0.1529	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.49

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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