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万見
- PDB-7enh: Crystal structure of cas and anti-cas protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7enh
タイトルCrystal structure of cas and anti-cas protein complex
要素
  • AcrIIA14 protein
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease ...: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus simulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91440201 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cas and anti-cas protein complex
著者: Wang, Y. / Li, X.
履歴
登録2021年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: AcrIIA14 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,24913
ポリマ－31,6032
非ポリマー64611
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.564, 68.564, 118.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

NI

21B-367-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9 / SaCas9


分子量: 19665.371 Da / 分子数: 1 / 断片: HNH domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cas9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: J7RUA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 AcrIIA14 protein


分子量: 11937.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus simulans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 29098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1511.20.71311290.6230.2210.7470.98899.9
2.15-2.211.30.59910960.7680.1840.6270.883100
2.2-2.2611.50.51511420.8430.1560.5390.93499.9
2.26-2.3311.30.44511230.880.1360.4660.931100
2.33-2.411.30.37711320.9260.1150.3940.97100
2.4-2.4910.50.31311340.9450.10.3290.98399.9
2.49-2.5911.70.26511290.9690.0790.2770.998100
2.59-2.7112.40.21911270.980.0630.2281.025100
2.71-2.8512.60.1711660.9880.0490.1771.003100
2.85-3.0312.70.13511330.9930.0380.141.05799.8
3.03-3.2611.80.10411550.9950.0310.1091.094100
3.26-3.5913.80.07911590.9970.0220.0821.024100
3.59-4.1113.60.06511700.9970.0180.0680.91699.9
4.11-5.1812.60.05412050.9980.0150.0560.74199.9
5.18-5012.40.04513020.9990.0130.0470.5799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZZ

5czz


解像度: 2.097→48.482 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 2938 10.1 %
Rwork0.1807 26160 -
obs0.1835 29098 91.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.96 Å2 / Biso mean: 32.4186 Å2 / Biso min: 12.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.097→48.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 11 209 2173
Biso mean--44.7 38.84 -
残基数----242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0971-2.13150.3636850.314173755
2.1315-2.16820.2243910.238281760
2.1682-2.20770.25751040.219290666
2.2077-2.25010.24731160.202598475
2.2501-2.2960.23111290.2112113884
2.296-2.3460.23161340.2094123694
2.346-2.40050.25141570.2043136298
2.4005-2.46060.23851460.1983133699
2.4606-2.52710.22751520.21011371100
2.5271-2.60150.24361510.19681331100
2.6015-2.68540.20241530.1931380100
2.6854-2.78140.21361480.18581350100
2.7814-2.89270.19391500.19171364100
2.8927-3.02440.18921510.17861361100
3.0244-3.18380.23651530.17651360100
3.1838-3.38320.19511530.15741322100
3.3832-3.64440.171520.15841385100
3.6444-4.01090.17081550.13671350100
4.0109-4.5910.18341510.14291359100
4.591-5.78260.16641520.17631350100
5.7826-48.4820.25891550.20811361100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.9807 Å / Origin y: 20.0457 Å / Origin z: -11.4406 Å
111213212223313233
T0.1523 Å20.0155 Å20.039 Å2-0.1865 Å2-0.0172 Å2--0.1472 Å2
L1.465 °20.0957 °2-0.4041 °2-2.1953 °20.3456 °2--1.7129 °2
S0.0657 Å °0.0686 Å °0.1433 Å °-0.0668 Å °0.0835 Å °-0.0728 Å °-0.161 Å °0.0145 Å °-0.1336 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA502 - 645
2X-RAY DIFFRACTION1allB63 - 160
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 252
4X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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