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- PDB-7eln: Structure of Csy-AcrIF24-dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eln
タイトルStructure of Csy-AcrIF24-dsDNA
要素
  • (54-MER DNA) x 2
  • AcrIF24
  • CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
  • CRISPR-associated protein Csy3
  • RNA (60-MER)
  • Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
  • type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA/DNA / complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, L. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31822012 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Insights into the inhibition of type I-F CRISPR-Cas system by a multifunctional anti-CRISPR protein AcrIF24.
著者: Lingguang Yang / Laixing Zhang / Peipei Yin / Hao Ding / Yu Xiao / Jianwei Zeng / Wenhe Wang / Huan Zhou / Qisheng Wang / Yi Zhang / Zeliang Chen / Maojun Yang / Yue Feng /
要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. The HTH motif of AcrIF24 can bind the Acr promoter region and repress its transcription, suggesting its role as an Aca gene in self-regulation. AcrIF24 forms a homodimer and further induces dimerization of the Csy complex. Apart from blocking the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF24 also induces the binding of non-sequence-specific dsDNA to the Csy complex, similar to AcrIF9, although this binding seems to play a minor role in AcrIF24 inhibitory capacity. Further structural and biochemical studies of the Csy-AcrIF24-dsDNA complexes and of AcrIF24 mutants reveal that the HTH motif of AcrIF24 and the PAM recognition loop of the Csy complex are structural elements essential for this non-specific dsDNA binding. Moreover, AcrIF24 and AcrIF9 display distinct characteristics in inducing non-specific DNA binding. Together, our findings highlight a multifunctional Acr and suggest potential wide distribution of Acr-induced non-specific DNA binding.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
C: CRISPR-associated protein Csy3
D: CRISPR-associated protein Csy3
E: CRISPR-associated protein Csy3
F: CRISPR-associated protein Csy3
G: CRISPR-associated protein Csy3
H: CRISPR-associated protein Csy3
I: type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
L: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
M: CRISPR-associated protein Csy3
N: CRISPR-associated protein Csy3
O: CRISPR-associated protein Csy3
P: CRISPR-associated protein Csy3
Q: CRISPR-associated protein Csy3
R: CRISPR-associated protein Csy3
S: type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
U: AcrIF24
V: AcrIF24
J: RNA (60-MER)
T: RNA (60-MER)
A: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
K: 54-MER DNA
W: 54-MER DNA
X: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
Y: 54-MER DNA
Z: 54-MER DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)820,54126
ポリマ－820,54126
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area119250 Å2
ΔGint-390 kcal/mol
Surface area256640 Å2

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要素

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タンパク質 , 5種, 20分子 BLCDEFGHMNOPQRISUVAX

#1: タンパク質 CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / Type I-F CRISPR-associated protein Csy2


分子量: 36244.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, NCTC13437_01526, PACL_0128
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161
#2: タンパク質
CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 37623.324 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: IPC1505_30680, IPC36_28835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A659BSG0
#3: タンパク質 type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4


分子量: 21429.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 AcrIF24


分子量: 24995.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 Type I-F CRISPR-associated protein Csy1


分子量: 49313.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, ALP65_00954, IPC1505_30690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A8DDU9

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RNA鎖 , 1種, 2分子 JT

#5: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 19265.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946

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DNA鎖 , 2種, 4分子 KYWZ

#7: DNA鎖 54-MER DNA


分子量: 16708.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#8: DNA鎖 54-MER DNA


分子量: 16574.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細The reference sequence database of chain I, S is WP_004343806.1 in GenBank. The reference sequence ...The reference sequence database of chain I, S is WP_004343806.1 in GenBank. The reference sequence database of chain U, V is WP_043084540.1 in GenBank.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Csy-AcrIF24-dsDNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Csy-AcrIF24COMPLEX#1-#61RECOMBINANT
3dsDNACOMPLEX#7-#81SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1564735
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 364290 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00750249
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.81968891
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.2968665
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0527511
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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