+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7elm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Csy-AcrIF24 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/RNA / complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
![]() | Zhang, L. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the inhibition of type I-F CRISPR-Cas system by a multifunctional anti-CRISPR protein AcrIF24. 著者: Lingguang Yang / Laixing Zhang / Peipei Yin / Hao Ding / Yu Xiao / Jianwei Zeng / Wenhe Wang / Huan Zhou / Qisheng Wang / Yi Zhang / Zeliang Chen / Maojun Yang / Yue Feng / ![]() 要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. The HTH motif of AcrIF24 can bind the Acr promoter region and repress its transcription, suggesting its role as an Aca gene in self-regulation. AcrIF24 forms a homodimer and further induces dimerization of the Csy complex. Apart from blocking the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF24 also induces the binding of non-sequence-specific dsDNA to the Csy complex, similar to AcrIF9, although this binding seems to play a minor role in AcrIF24 inhibitory capacity. Further structural and biochemical studies of the Csy-AcrIF24-dsDNA complexes and of AcrIF24 mutants reveal that the HTH motif of AcrIF24 and the PAM recognition loop of the Csy complex are structural elements essential for this non-specific dsDNA binding. Moreover, AcrIF24 and AcrIF9 display distinct characteristics in inducing non-specific DNA binding. Together, our findings highlight a multifunctional Acr and suggest potential wide distribution of Acr-induced non-specific DNA binding. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 852 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 951.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1006.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 148.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 243.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 5種, 20分子 AKBLCDEFGHMNOPQRISUV
#1: タンパク質 | 分子量: 49313.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 36244.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, NCTC13437_01526, PACL_0128 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 37623.324 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 21429.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 24995.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-RNA鎖 , 1種, 2分子 JT
#6: RNA鎖 | 分子量: 19265.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-詳細
配列の詳細 | The reference sequence database of chain I, S is WP_004343806.1 in GenBank. The reference sequence ...The reference sequence database of chain I, S is WP_004343806.1 in GenBank. The reference sequence database of chain U, V is WP_043084540.1 in GenBank. |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Csy-AcrIF24 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 406065 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|