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万見
- PDB-7elk: Solution structure of Terfa derived from Danio rerio -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7elk
タイトルSolution structure of Terfa derived from Danio rerio
要素Terfa protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere binding protein / Myb domain / human telomeric DNA / plant telomeric DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere / RNA-templated DNA biosynthetic process / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / G-rich strand telomeric DNA binding ...negative regulation of telomere maintenance via recombination / telomeric loop formation / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / protection from non-homologous end joining at telomere / RNA-templated DNA biosynthetic process / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / cell cycle / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Telomeric repeat-binding factor 2 / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain superfamily / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain / Telomere repeat binding factor (TRF) / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Yun, J.H. / Kim, M. / Lee, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of Terfa derived from Danio rerio
著者: Kim, M. / Yun, J.H. / Lee, W.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terfa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4701
ポリマ－7,4701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Terfa protein


分子量: 7469.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: terfa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QRH9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic23D-NOESY
121anisotropic23D (H)CCH-TOCSY
131anisotropic13D HN(CA)CB
141anisotropic13D CBCA(CO)NH
151anisotropic13D HNCO
162anisotropic23D 1H-15N NOESY
171anisotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] Terfa, 90% H2O/10% D2O13C_15N sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-15N] Terfa, 90% H2O/10% D2O15N sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTerfa[U-13C; U-15N]1
1 mMTerfa[U-15N]2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: experimental condition / pH: 6.0 pH* / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX6001
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky2.2.5Goddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
XwinNMRBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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