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- PDB-7el5: Crystal structure of Sizzled protein from Xenopus Laevis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7el5
タイトルCrystal structure of Sizzled protein from Xenopus Laevis
要素Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
キーワードSIGNALING PROTEIN / BMP1-inhibitor / Sizzled / Wnt signaling / Frizzled motif
機能・相同性
機能・相同性情報


non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / canonical Wnt signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sizzled, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Netrin domain ...Sizzled, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Netrin domain / NTR domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sharma, U. / Harlos, K. / Hulmes, D.J.S. / Aghajari, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)2010-BLAN-1526-01 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Dynamics of the secreted frizzled related protein Sizzled and potential implications for binding to bone morphogenetic protein-1 (BMP-1).
著者: Sharma, U. / Vadon-Le Goff, S. / Harlos, K. / Zhao, Y. / Mariano, N. / Bijakowski, C. / Bourhis, J.M. / Moali, C. / Hulmes, D.J.S. / Aghajari, N.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled
B: Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9592
ポリマ－62,9592
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4791
ポリマ－31,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4791
ポリマ－31,4791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.880, 77.480, 107.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Secreted Xwnt8 inhibitor sizzled


分子量: 31479.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: szl.S, szl / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Human / 参照: UniProt: O73821
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M NH4Ac, 18 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月18日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.91 Å / Num. obs: 74377 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.83 / Net I/σ(I): 15.58
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 5413 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.91 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 3726 5 %
Rwork0.205 70606 -
obs0.207 74332 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.73 Å2 / Biso mean: 45.6 Å2 / Biso min: 25.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3750 0 0 124 3874
Biso mean---44.14 -
残基数----476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.970.3621370.315260298
1.97-20.341380.318259598
2-2.030.3181380.304259498
2.03-2.060.3591370.266260399
2.06-2.090.3251340.256258099
2.09-2.120.3041370.238262798
2.12-2.150.2651350.237258198
2.15-2.190.2371390.226262799
2.19-2.230.2531370.225260999
2.23-2.270.2441360.215262699
2.27-2.320.2951330.224257199
2.32-2.370.2321400.217264199
2.37-2.430.231330.227259699
2.43-2.490.2661420.214261899
2.49-2.550.2461400.218261999
2.55-2.630.2441400.224259199
2.63-2.710.2631400.226263699
2.71-2.810.2461420.223261399
2.81-2.920.2851380.216260299
2.92-3.060.2541390.2242658100
3.06-3.220.2361390.216263099
3.22-3.420.2361370.2142613100
3.42-3.680.2571420.1932661100
3.68-4.050.2621340.1792599100
4.05-4.620.2011380.1752654100
4.63-5.80.1991410.182635100
5.8-19.910.2131400.185262599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.0819 Å / Origin y: 13.8529 Å / Origin z: 41.8238 Å
111213212223313233
T0.229 Å20.025 Å2-0.0175 Å2-0.3211 Å20.0044 Å2--0.2911 Å2
L0.1486 °20.0367 °2-0.0226 °2-2.0243 °20.6365 °2--0.5823 °2
S-0.0072 Å °-0.0226 Å °0.0067 Å °0.0898 Å °0.0548 Å °-0.1126 Å °0.024 Å °0.0267 Å °-0.0449 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA24 - 281
2X-RAY DIFFRACTION1allB24 - 281
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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