+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ejz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex Structure of antibody BD-503 and RBD-S477N of COVID-19 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / Neutralization Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.63 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, H. / Wang, B. / Zhao, T.N. / Su, X.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2021 タイトル: Structure-based analyses of neutralization antibodies interacting with naturally occurring SARS-CoV-2 RBD variants. 著者: Xu, H. / Wang, B. / Zhao, T.N. / Liang, Z.T. / Peng, T.B. / Song, X.H. / Wu, J.J. / Wang, Y.C. / Su, X.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ejz.cif.gz | 252.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ejz.ent.gz | 201.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ejz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ejz_validation.pdf.gz | 780.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ejz_full_validation.pdf.gz | 815.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ejz_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ejz_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25149.359 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor binding domain / 変異: S477N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23215.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23415.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.0, 15% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.63→41.66 Å / Num. obs: 10003 / % possible obs: 95.96 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 62.33 Å2 / CC1/2: 0.958 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1301 / Rrim(I) all: 0.4691 / Net I/σ(I): 7.96 |
反射 シェル | 解像度: 3.633→3.763 Å / 冗長度: 12.9 % / Num. unique obs: 930 / CC1/2: 0.862 / CC star: 0.962 / Rpim(I) all: 0.2923 / % possible all: 81.45 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7BWJ 解像度: 3.63→41.66 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 189.65 Å2 / Biso mean: 71.8559 Å2 / Biso min: 36.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.63→41.66 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.4828 Å / Origin y: 39.3908 Å / Origin z: 4.9858 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|