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万見
- PDB-7ejb: Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ejb
タイトルCrystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT mutant Q15E
要素Juvenile hormone acid methyltransferase
キーワードHORMONE / juvenile hormone / methyltransferase / insects
機能・相同性Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, l. / Xu, H.Y. / Xia, Q.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970468 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into catalytic mechanism of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT
著者: Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, l. / Xu, H.Y. / Xia, Q.Y.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0561
ポリマ－34,0561
非ポリマー00
水00
1
A: Juvenile hormone acid methyltransferase

A: Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1122
ポリマ－68,1122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.820, 100.820, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量: 34055.797 Da / 分子数: 1 / 変異: Q15E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of ...The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of BMSK0004751.1 in the SilkDB 3.0. It is consist with the partial sequence of XP_037868953.1 (NCBI number, 16-282aa). Residue Q15E represents mutation. Meanwhile, the sequence contains tag residues MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.1M Ammonium tartrate dibasic, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→54.82 Å / Num. obs: 9668 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 1.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 711

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EBS

7ebs


解像度: 2.85→54.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 20.542 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.329 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2762 488 5.1 %RANDOM
Rwork0.2426 ---
obs0.2442 9165 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 179.9 Å2 / Biso mean: 100.265 Å2 / Biso min: 65.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å2-0.98 Å20 Å2
2---1.95 Å2-0 Å2
3---6.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→54.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 0 0 2141
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.6432951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0431.5824712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8875257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30922.683123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62815410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4041513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02480
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 28 -
Rwork0.352 675 -
all-703 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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