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万見
- PDB-7eie: Crystal structure of YEATS2 YEATS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eie
タイトルCrystal structure of YEATS2 YEATS domain
要素YEATS domain-containing protein 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / YEATS domain / Transcription / Complex / Histone modification
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / ATAC complex / regulation of tubulin deacetylation / NuA4 histone acetyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / histone reader activity / TBP-class protein binding / mitotic spindle ...modification-dependent protein binding / ATAC complex / regulation of tubulin deacetylation / NuA4 histone acetyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / histone reader activity / TBP-class protein binding / mitotic spindle / transcription corepressor activity / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
YEATS domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Kikuchi, M. / Umehara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Elucidation of binding preferences of YEATS domains to site-specific acetylated nucleosome core particles.
著者: Kikuchi, M. / Morita, S. / Goto, M. / Wakamori, M. / Katsura, K. / Hanada, K. / Shirouzu, M. / Umehara, T.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YEATS domain-containing protein 2
B: YEATS domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5993
ポリマ－30,5072
非ポリマー921
水4,143230
1
A: YEATS domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2531
ポリマ－15,2531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
2
B: YEATS domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3462
ポリマ－15,2531
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.448, 50.840, 82.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-518-

HOH

21B-587-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YEATS domain-containing protein 2


分子量: 15253.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS2, KIAA1197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULM3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5) containing 2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 43069 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 2170 / Rsym value: 0.746

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 1.67→44.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.073 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 1769 4.1 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
obs0.17487 41299 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å2-0.22 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.67→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2050 0 6 230 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.6532951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.121.5864705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0155254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65920.229131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.50915376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6751522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7734.5891010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7751009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4871266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4941267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0161163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0151164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6581686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.7742299
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.4482245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.78832149
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 135 -
Rwork0.295 3012 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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