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万見
- PDB-7eht: Levansucrase from Brenneria sp. EniD 312 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eht
タイトルLevansucrase from Brenneria sp. EniD 312
要素Levansucrase
キーワードTRANSFERASE / Levansucrase / fructosyltransferase / levan synthesis
機能・相同性levansucrase / levansucrase activity / Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / carbohydrate utilization / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / levansucrase
機能・相同性情報
生物種Brenneria sp. EniD312 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Xu, W. / Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Pijning, T. / Guskov, A. / Mu, W.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31922073 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of Levansucrase from the Gram-Negative Bacterium Brenneria Provides Insights into Its Product Size Specificity.
著者: Xu, W. / Ni, D. / Hou, X. / Pijning, T. / Guskov, A. / Rao, Y. / Mu, W.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,80120
ポリマ－49,3311
非ポリマー2,47119
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.974, 97.974, 214.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-836-

HOH

21A-1114-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Levansucrase


分子量: 49330.789 Da / 分子数: 1 / 変異: H327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brenneria sp. EniD312 (バクテリア)
遺伝子: BrE312_3941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7LSK3, levansucrase

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非ポリマー , 5種, 544分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammounium sulfate, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→84.8 Å / Num. obs: 3547784 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 38.8 % / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.51 Å / Num. unique obs: 91324 / Rpim(I) all: 0.486

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D47

4d47


解像度: 1.45→84.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 --RANDOM
Rwork0.172 ---
obs-108757 90.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.94 Å2 / Biso min: 10.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→84.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 157 525 3953
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.51 Å / % reflection obs: 66.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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