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- PDB-7ehg: Crystal Structure of MiXBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ehg
タイトルCrystal Structure of MiXBM
要素MiXBM
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / MiXBM
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Carbohydrate binding module (family 6) ...Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Microbacterium sp. XT11 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fan, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of MiXBM
著者: Fan, Y.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MiXBM
B: MiXBM
C: MiXBM
D: MiXBM
E: MiXBM
F: MiXBM
G: MiXBM
H: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,47034
ポリマ－115,4568
非ポリマー2,01426
水13,133729
1
A: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6604
ポリマ－14,4321
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
2
B: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7525
ポリマ－14,4321
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
3
C: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8446
ポリマ－14,4321
非ポリマー4125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
4
D: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6604
ポリマ－14,4321
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6000 Å2
手法PISA
5
E: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6644
ポリマ－14,4321
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
6
F: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5683
ポリマ－14,4321
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
7
G: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6604
ポリマ－14,4321
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
8
H: MiXBM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6604
ポリマ－14,4321
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.237, 66.145, 85.669
Angle α, β, γ (deg.)84.153, 89.295, 89.229
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
MiXBM


分子量: 14432.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbacterium sp. XT11 (バクテリア)
遺伝子: AB663_001102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U4F749
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 87791 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 20 / Num. unique obs: 4433 / Rpim(I) all: 0.04 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F2P

6f2p


解像度: 1.95→27.42 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 34.532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 2030 3.3 %
Rwork0.1698 59576 -
obs0.1708 61606 68.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7892 0 107 729 8728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00738129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.960611062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08811292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.45091174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.19121370.16783808X-RAY DIFFRACTION61.63
2-2.050.22431340.16063962X-RAY DIFFRACTION64.3
2.05-2.110.2071400.16123959X-RAY DIFFRACTION64.37
2.11-2.180.18781450.16514014X-RAY DIFFRACTION64.6
2.18-2.260.20341300.17014066X-RAY DIFFRACTION65.42
2.26-2.350.2161440.17044029X-RAY DIFFRACTION64.98
2.35-2.450.20351430.1744048X-RAY DIFFRACTION65.46
2.45-2.580.2011390.17474067X-RAY DIFFRACTION65.91
2.58-2.750.20021340.1814085X-RAY DIFFRACTION66.18
2.75-2.960.2161450.18674297X-RAY DIFFRACTION68.81
2.96-3.250.22091500.18644471X-RAY DIFFRACTION72.46
3.25-3.720.2191560.17074884X-RAY DIFFRACTION78.48
3.73-4.690.16131780.14775146X-RAY DIFFRACTION82.92
4.69-27.420.19161550.17014740X-RAY DIFFRACTION76.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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