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- PDB-7egv: Acetolactate Synthase from Trichoderma harzianum with inhibitor h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egv
タイトルAcetolactate Synthase from Trichoderma harzianum with inhibitor harzianic acid
要素Acetolactate synthase
キーワードTRANSFERASE / Acetolactate Synthase / BGC / Harzianic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...Acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic / Acetolactate synthase large subunit, TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-J3L / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Chem-TZD / Acetolactate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma harzianum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Zang, X. / Xie, L. / Chen, M. / Tang, Y. / Zhou, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Harzianic Acid from Trichoderma afroharzianum Is a Natural Product Inhibitor of Acetohydroxyacid Synthase.
著者: Xie, L. / Zang, X. / Cheng, W. / Zhang, Z. / Zhou, J. / Chen, M. / Tang, Y.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase
B: Acetolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,52717
ポリマ－150,0532
非ポリマー3,47315
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area38610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.040, 79.910, 111.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.103, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetolactate synthase


分子量: 75026.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 遺伝子: CI102_2746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N1LPC4, acetolactate synthase

-
非ポリマー , 9種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TZD / 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE / チアミンチアゾロン二りん酸


分子量: 440.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O8P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-J3L / (2S)-3-methyl-2-[[(2S,4R)-1-methyl-4-[(2E,4E)-octa-2,4-dienoyl]-3,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-2-yl]methyl]-2-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 365.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10%PEG1000, 10%PEG3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97847 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→45.62 Å / Num. obs: 46941 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4563 / CC1/2: 0.754 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 0.879 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DEK

6dek


解像度: 2.54→45.62 Å / SU ML: 0.3154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2533
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2403 5.12 %
Rwork0.1748 44527 -
obs0.1773 46930 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8903 0 225 78 9206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00799310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.981512612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05671391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.68363477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.590.31911330.24752614X-RAY DIFFRACTION99.85
2.59-2.650.31961340.23292582X-RAY DIFFRACTION99.89
2.65-2.710.26151180.23482618X-RAY DIFFRACTION99.89
2.71-2.780.31921630.23132613X-RAY DIFFRACTION99.96
2.78-2.850.29021390.22142603X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-2.940.26581400.21822607X-RAY DIFFRACTION99.93
2.94-3.030.3071400.21142593X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.140.2681190.20562628X-RAY DIFFRACTION99.93
3.14-3.270.25381600.22583X-RAY DIFFRACTION99.89
3.27-3.410.23011480.18292615X-RAY DIFFRACTION99.82
3.41-3.590.21651180.16792646X-RAY DIFFRACTION99.71
3.59-3.820.20021590.17062612X-RAY DIFFRACTION99.86
3.82-4.110.20181410.14882592X-RAY DIFFRACTION99.89
4.11-4.530.16841480.13092623X-RAY DIFFRACTION99.89
4.53-5.180.1591640.13652622X-RAY DIFFRACTION99.89
5.18-6.520.22481390.17012664X-RAY DIFFRACTION99.96
6.53-45.620.18271400.14672712X-RAY DIFFRACTION99.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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