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- PDB-7egr: Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with RgIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egr
タイトルCo-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with RgIA
要素
  • (Soluble acetylcholine ...) x 3
  • RgIA
キーワードTOXIN / acetylcholine binding protein / nicotinic acetylcholine receptors / conotoxin / molecular dynamics simulation
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
Conus regius (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Pan, S. / Fan, Y.X. / Xue, Y. / Zhu, X.P. / Luo, S.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with RgIA
著者: Wang, X.Q. / Pan, S. / Fan, Y.X. / Xue, Y. / Zhu, X.P. / Luo, S.L.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
K: RgIA
L: RgIA
M: RgIA
N: RgIA
O: RgIA
P: RgIA
R: RgIA
Q: RgIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,85228
ポリマ－245,60918
非ポリマー24310
水9,116506
1
A: Soluble acetylcholine receptor
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Soluble acetylcholine receptor
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Soluble acetylcholine receptor
K: RgIA
L: RgIA
M: RgIA
N: RgIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,70615
ポリマ－122,5609
非ポリマー1466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Soluble acetylcholine receptor
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Soluble acetylcholine receptor
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Soluble acetylcholine receptor
O: RgIA
P: RgIA
R: RgIA
Q: RgIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,14613
ポリマ－123,0499
非ポリマー974
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.271, 135.955, 132.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Soluble acetylcholine ... , 3種, 10分子 ADGHIJBCEF

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor


分子量: 23378.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: タンパク質 Soluble acetylcholine receptor


分子量: 23133.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス)
参照: UniProt: Q8WSF8
#3: タンパク質 Soluble acetylcholine receptor


分子量: 23220.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス)
参照: UniProt: Q8WSF8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 8分子 KLMNOPRQ

#4: タンパク質・ペプチド
RgIA


分子量: 1578.868 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus regius (無脊椎動物) / 発現宿主: Synthesium tursionis (無脊椎動物)

-
非ポリマー , 2種, 516分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M Magnesium sulfate hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 121060 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 468524
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.563.70.79279380.6720.4660.9230.90897.2
2.56-2.6240.64781690.730.3690.7470.88999.7
2.62-2.6940.57180600.7750.3270.660.97299.7
2.69-2.7740.44781180.8510.2540.5160.9499.7
2.77-2.8640.35381170.9080.2030.4090.95499.4
2.86-2.9640.29380910.9390.1680.3391.01199.4
2.96-3.083.90.21281130.9560.1230.2461.03899.2
3.08-3.223.90.16880450.9710.0970.1951.10999.2
3.22-3.393.80.12280630.9840.0720.1421.13898.8
3.39-3.613.50.09177960.9910.0540.1061.12795.5
3.61-3.883.80.07679560.9930.0440.0881.03297.2
3.88-4.2740.05781860.9960.0320.0660.853100
4.27-4.8940.04581570.9970.0250.0510.64899.6
4.89-6.163.80.04681450.9970.0260.0530.71398.7
6.16-503.70.03581060.9990.020.0410.55797.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CO5

5co5


解像度: 2.503→35.401 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 5892 4.87 %
Rwork0.1719 115130 -
obs0.1743 121022 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.37 Å2 / Biso mean: 41.7378 Å2 / Biso min: 17.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.503→35.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17164 0 10 506 17680
Biso mean--42.97 39.78 -
残基数----2158
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.503-2.53130.31691910.2617335286
2.5313-2.56110.32722020.2571381399
2.5611-2.59230.28961890.23783869100
2.5923-2.62510.30372120.2263889100
2.6251-2.65970.2782170.23263825100
2.6597-2.69610.27772010.23233864100
2.6961-2.73460.27491740.22623907100
2.7346-2.77540.24211940.21473868100
2.7754-2.81880.27231890.2117389199
2.8188-2.86490.29371900.2073387299
2.8649-2.91430.26121950.2064384899
2.9143-2.96730.2621810.2014389599
2.9673-3.02430.25472280.1908382499
3.0243-3.0860.24122160.187385599
3.086-3.15310.27282100.1905384399
3.1531-3.22640.22451990.1823385099
3.2264-3.3070.22831970.1719385099
3.307-3.39640.22531870.1664383899
3.3964-3.49620.22591970.1635378798
3.4962-3.6090.20891900.1596367294
3.609-3.73780.20451790.16369194
3.7378-3.88730.22321940.15923911100
3.8873-4.0640.20042020.1513868100
4.064-4.27790.18161860.13543933100
4.2779-4.54540.14262080.12373903100
4.5454-4.89550.16851870.1234389899
4.8955-5.38670.19881930.1442388099
5.3867-6.16260.20381970.1691387298
6.1626-7.75070.18831980.1694378496
7.7507-35.4010.19981890.1765397899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.4882 Å / Origin y: -40.8139 Å / Origin z: 33.6165 Å
111213212223313233
T0.2314 Å2-0.0421 Å2-0.0036 Å2-0.2192 Å2-0.0067 Å2--0.181 Å2
L0.4779 °20.1608 °2-0.0436 °2-0.2597 °2-0.0196 °2--0.176 °2
S0.0095 Å °0.0213 Å °-0.0279 Å °0.0185 Å °-0.0095 Å °0.027 Å °0.0208 Å °-0.0303 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA19 - 224
2X-RAY DIFFRACTION1allB20 - 223
3X-RAY DIFFRACTION1allC20 - 223
4X-RAY DIFFRACTION1allD19 - 224
5X-RAY DIFFRACTION1allE19 - 223
6X-RAY DIFFRACTION1allF19 - 223
7X-RAY DIFFRACTION1allG19 - 224
8X-RAY DIFFRACTION1allH19 - 224
9X-RAY DIFFRACTION1allI19 - 224
10X-RAY DIFFRACTION1allJ19 - 224
11X-RAY DIFFRACTION1allK401 - 413
12X-RAY DIFFRACTION1allL401 - 413
13X-RAY DIFFRACTION1allM401 - 413
14X-RAY DIFFRACTION1allN401 - 413
15X-RAY DIFFRACTION1allO401 - 413
16X-RAY DIFFRACTION1allP401 - 413
17X-RAY DIFFRACTION1allR401 - 413
18X-RAY DIFFRACTION1allQ401 - 413
19X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 508
20X-RAY DIFFRACTION1allT1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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