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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7egr | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with RgIA | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / acetylcholine binding protein / nicotinic acetylcholine receptors / conotoxin / molecular dynamics simulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / synapse / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (無脊椎動物) Conus regius (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.Q. / Pan, S. / Fan, Y.X. / Xue, Y. / Zhu, X.P. / Luo, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with RgIA 著者: Wang, X.Q. / Pan, S. / Fan, Y.X. / Xue, Y. / Zhu, X.P. / Luo, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7egr.cif.gz | 864.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7egr.ent.gz | 721.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7egr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7egr_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7egr_full_validation.pdf.gz | 5.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7egr_validation.xml.gz | 79.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7egr_validation.cif.gz | 109.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5co5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Soluble acetylcholine ... , 3種, 10分子 ADGHIJBCEF
#1: タンパク質 | 分子量: 23378.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス) 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質 | 分子量: 23133.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス) 参照: UniProt: Q8WSF8 #3: タンパク質 | 分子量: 23220.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス) 参照: UniProt: Q8WSF8 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 8分子 KLMNOPRQ
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1578.868 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus regius (無脊椎動物) / 発現宿主: Synthesium tursionis (無脊椎動物) |
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-非ポリマー , 2種, 516分子
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.8 M Magnesium sulfate hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 121060 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 468524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CO5 解像度: 2.503→35.401 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.37 Å2 / Biso mean: 41.7378 Å2 / Biso min: 17.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.503→35.401 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.4882 Å / Origin y: -40.8139 Å / Origin z: 33.6165 Å
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精密化 TLSグループ |
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