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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7efy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of retroviral protease-like domain of Ddi1 from Cryptosporidium hominis | ||||||
![]() | UBA domain-containing protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / aspartic protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biswas, I.B. / Killivalavan, A.K. / Suguna, K.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights into the DNA damage-inducible protein 1 (Ddi1) from protozoa. 著者: Asaithambi, K. / Biswas, I. / Suguna, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14245.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CHUDEA3_2190 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES-sodium hydroxide (pH 6.0), 30% polyacrylate sodium salt and 10% ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→63.26 Å / Num. obs: 4686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 668 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7D66 解像度: 2.8→47.439 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.19 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.776 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.439 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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