PDB-7eft: Crystal structure of cell shape-determining protein MreC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eft

タイトル

Crystal structure of cell shape-determining protein MreC

要素

Cell shape protein MreC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / scaffold protein / dimer / filament-like structure

機能・相同性

Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 1 / Rod shape-determining protein MreC / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 2 / rod shape-determining protein MreC / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / Cell shape protein MreC

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Xu, Q. / Xiao, Q.J. / Sun, B.

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of MreC provides insights into polymer formation.
著者: Xu, Q. / Sun, N. / Xiao, Q. / Huang, C.Y. / Xu, M. / Zhang, W. / Li, L. / Wang, Q. / Olieric, V. / Wang, W. / He, J. / Sun, B.

履歴

登録	2021年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eft.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eft.ent.gz	143.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7eft_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eft_full_validation.pdf.gz	445 KB	表示
XML形式データ	7eft_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	7eft_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7eft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7eft	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j5uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ikj-d 5vsq-d 6mqb-2 3nd9-d 4bfb-2 3ftq-6 3nd8-d 7dey-2 2oo4-d 5v0l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell shape protein MreC

B: Cell shape protein MreC

ヘテロ分子

79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.291, 47.583, 77.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.180, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cell shape protein MreC / Cell shape-determining protein MreC 分子量: 39568.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: mreC, A6592_13940, A9P13_02655, ACU57_14180, AM446_04030, AM464_08875, APT94_23460, AUQ13_03360, AWP75_14375, B9T59_15940, BANRA_01876, BANRA_03739, BIU72_05690, BK334_09300, BK375_18480, ...遺伝子: mreC, A6592_13940, A9P13_02655, ACU57_14180, AM446_04030, AM464_08875, APT94_23460, AUQ13_03360, AWP75_14375, B9T59_15940, BANRA_01876, BANRA_03739, BIU72_05690, BK334_09300, BK375_18480, BMA87_20860, BMT91_11345, BON83_09510, BON86_01865, BON87_17925, BUE81_20005, BvCms12BK_00952, BvCms2454_03524, BvCmsHHP001_01416, BvCmsHHP056_02431, BvCmsKKP061_00941, BvCmsKSP011_01997, BvCmsKSP024_00230, BvCmsKSP026_03280, BvCmsKSP045_01703, BvCmsKSP067_01517, BvCmsNSP047_04065, BW690_19670, BZL69_07990, C2M16_03940, C2U48_17255, C4M78_03600, C5715_13505, C5F72_02875, C5F73_03135, C5N07_22630, C6B13_17735, C7B08_03855, CA593_10025, CDL37_12575, CG692_13470, CI694_29015, CQP61_03360, CRX46_03455, CSB64_08235, CWM24_22570, D0X26_23695, D2185_00140, D3821_22845, D3822_12505, D4718_19165, D9D20_06560, D9D31_14415, D9D43_03880, D9D44_04695, D9G11_02610, D9G48_16935, D9G69_01385, D9H10_06920, D9I88_07505, D9I97_14960, D9J03_05445, D9J52_24030, DB359_11060, DBQ99_03705, DD762_12835, DJ503_15190, DL257_05935, DL326_23220, DM102_15455, DNX30_11675, DT034_24485, DTZ20_12380, DXT71_00150, DXT73_12865, E2119_16600, E2127_02840, E2128_02230, E2129_06025, E2134_15330, E2148_12755, E4K51_20900, E4K53_21150, E4K55_20750, E4K61_18265, E5S58_03200, E5S61_19155, E5S62_13475, EA214_08335, EA218_14745, EA433_04430, EAI52_13645, EC3234A_53c01270, ECONIH1_19115, ED307_14255, EEP23_08945, EI021_04350, EI028_19725, EI041_01715, EIA08_12240, EIZ93_10245, EL75_0437, EL79_0459, EL80_0450, ELV15_02095, ELV28_06610, ELX61_03590, ELX76_03650, ELY32_07020, ELY41_17630, ELY48_01450, EPT01_00130, EQ820_11810, EQ823_05315, ERS085366_00498, EST51_02480, EVY14_10875, ExPECSC038_02760, EXX71_13685, EYD11_02335, EYV18_18000, EYY27_17085, EYY34_10350, F1E19_17665, F9B07_01530, F9X20_01600, FAF34_018620, FNJ69_15130, FNW97_17800, FORC82_0511, FRV13_20275, FV293_08090, FV295_17395, FWK02_08955, FY127_07640, FZC17_06505, FZN26_16035, G5603_16305, G5608_17750, G5616_12960, G5632_04670, G5688_06165, GII66_07800, GIJ01_13225, GJ11_21070, GKF34_18720, GKF39_15510, GKF52_18305, GKF74_13415, GKF86_14680, GKF89_20670, GP689_13590, GQE22_11075, GQE33_05275, GQE34_11380, GQE42_05685, GQE64_09460, GQE68_05940, GQE87_18245, GQE88_20005, GQM17_12600, GQY14_15475, GRW05_15480, GRW42_17760, GRW57_15680, GRW80_11780, GRW81_05030, GUB08_00115, HHJ41_10835, HmCms184_00156, HmCmsJML074_01111, HV065_15440, HV109_02440, HVW04_17830, HVX17_02685, HVY77_02435, HVY93_02305, HVZ21_02645, HX136_02450, MS6198_37340, NCTC10082_02893, NCTC10090_03583, NCTC10764_03922, NCTC10963_00510, NCTC10974_00609, NCTC11022_03417, NCTC11112_00973, NCTC11126_02835, NCTC12950_00534, NCTC13216_01298, NCTC8450_05001, NCTC8500_00403, NCTC8621_00570, NCTC9007_04471, NCTC9045_00620, NCTC9050_03665, NCTC9058_01322, NCTC9062_02634, NCTC9073_00319, NCTC9117_00813, NCTC9962_00309, PGD_03866, RK56_014280, SAMEA3472044_04279, SAMEA3472080_04127, SAMEA3472110_01466, SAMEA3472112_01450, SAMEA3484427_00526, SAMEA3484429_00816, SAMEA3484434_04417, SAMEA3752372_01856, SAMEA3752559_03191, SAMEA3753097_04160, SAMEA3753300_02049, SK85_03563, WP2S18E08_04520, WP5S18E08_04820, WP7S17E04_04550, WP7S18E09_04710, WR15_24175, YDC107_1916 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024L8Y8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 19.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 9.9% Isopropanol, 9.9% (v/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 27893 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 0.431 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 83716

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	2.6	0.474	1309	0.699	0.347	0.591	0.431	94
2.14-2.18	2.6	0.435	1317	0.805	0.318	0.542	0.41	95.2
2.18-2.22	2.7	0.42	1400	0.78	0.308	0.524	0.433	96.8
2.22-2.26	2.6	0.433	1352	0.737	0.323	0.543	0.455	98.1
2.26-2.31	2.7	0.437	1360	0.711	0.327	0.549	0.452	98.7
2.31-2.37	2.9	0.389	1384	0.789	0.277	0.48	0.432	98.5
2.37-2.42	3.1	0.383	1396	0.788	0.262	0.466	0.443	99.9
2.42-2.49	3.1	0.339	1401	0.836	0.23	0.411	0.439	99.9
2.49-2.56	3.2	0.326	1392	0.847	0.219	0.394	0.452	99.6
2.56-2.65	3.1	0.285	1393	0.882	0.192	0.345	0.443	99.9
2.65-2.74	3.1	0.258	1399	0.901	0.175	0.313	0.438	99.6
2.74-2.85	3	0.22	1407	0.915	0.154	0.27	0.441	99.6
2.85-2.98	3.2	0.182	1405	0.941	0.12	0.219	0.455	99.9
2.98-3.14	3.3	0.137	1406	0.96	0.09	0.165	0.456	100
3.14-3.33	3.2	0.109	1417	0.949	0.073	0.131	0.439	100
3.33-3.59	3.1	0.086	1408	0.985	0.058	0.104	0.451	99.4
3.59-3.95	3.2	0.067	1421	0.99	0.045	0.081	0.426	99.8
3.95-4.52	3.3	0.055	1409	0.993	0.036	0.066	0.418	100
4.52-5.69	3	0.048	1439	0.995	0.032	0.058	0.355	99.8
5.69-30	3.1	0.042	1478	0.998	0.028	0.05	0.358	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J5U

2j5u

解像度: 2.1→29.851 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	2000	7.17 %
R_work	0.1865	25880	-
obs	0.19	27880	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.16 Å² / B_iso mean: 38.5232 Å² / B_iso min: 15.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.851 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3285	0	2	184	3471
B_iso mean	-	-	25	37.66	-
残基数	-	-	-	-	426

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1003-2.1528	0.3518	131	0.2674	1705	90
2.1528-2.2109	0.2892	138	0.2322	1774	96
2.2109-2.276	0.2815	142	0.2399	1837	98
2.276-2.3494	0.2702	140	0.229	1810	98
2.3494-2.4334	0.2757	142	0.2155	1842	100
2.4334-2.5307	0.2619	144	0.2187	1862	100
2.5307-2.6458	0.2397	143	0.2055	1855	100
2.6458-2.7852	0.2645	144	0.2056	1861	100
2.7852-2.9596	0.287	145	0.2018	1881	100
2.9596-3.1879	0.227	144	0.1895	1862	100
3.1879-3.5082	0.2209	145	0.1859	1872	100
3.5082-4.0148	0.1871	144	0.1591	1871	100
4.0148-5.0543	0.2032	148	0.1437	1910	100
5.0543-29.851	0.2353	150	0.1769	1938	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2695	-0.1032	0.0423	0.0796	0.1096	0.1348	0.0361	-0.0886	0.2337	0.0312	0.1323	0.1293	-0.2411	0.0935	0	0.2471	-0.0526	0.0019	0.2478	0.0392	0.2726	54.8095	28.8385	36.5104
2	0.1405	-0.0482	-0.0161	0.166	0.0189	0.0257	0.0693	0.0626	-0.0647	0.0616	0.21	-0.0775	0.0974	-0.2064	-0	0.2888	0.0189	0.0385	0.3099	0.0296	0.2531	50.091	13.2538	34.0746
3	0.3391	-0.3394	0.0386	0.7526	0.2666	-0.0232	0.0002	0.0737	0.0156	-0.0044	-0.0261	0.0028	0.0107	-0.006	-0	0.134	0.0022	-0.0082	0.1308	0.0022	0.1376	33.3135	15.7018	31.5097
4	0.1314	0.1804	0.0854	0.2711	0.2012	-0.0004	0.0773	0.1124	0.0762	-0.1874	-0.1134	-0.1259	-0.0404	0.0621	-0	0.2072	0.0077	0.0127	0.24	0.0286	0.2292	45.7883	15.9875	25.5311
5	0.4284	0.0361	0.4003	0.7706	-0.105	0.1547	-0.0224	0.1248	-0.0701	-0.0253	-0.0713	0.0282	-0.1144	-0.0092	0	0.1781	-0.0292	-0.0114	0.2347	-0.0163	0.2504	51.1764	24.1179	34.6658
6	0.3309	-0.0901	-0.3571	0.4244	-0.0509	0.5461	-0.0932	0.0062	-0.0709	-0.0397	0.0063	-0.0096	0.1415	0.0662	-0	0.2088	0.012	0.0292	0.1771	-0.003	0.1464	35.351	9.5915	60.1056
7	0.0679	0.0592	-0.2314	0.2538	0.0172	0.0976	0.0761	0.0167	0.0484	-0.0634	-0.0108	-0.0859	0.0045	-0.0818	-0	0.1721	-0.0053	-0.017	0.1702	-0.0051	0.1576	23.4607	17.7331	71.6693
8	0.3718	-0.0735	0.0598	0.6726	0.1496	0.3572	-0.0158	0.0573	0.0617	0.049	-0.0445	0.038	-0.0409	-0.0038	0	0.1444	-0	0.0037	0.1398	-0.0056	0.1314	24.4914	20.4086	71.4291
9	0.0159	0.0245	0.0074	-0.0013	0.0198	-0.0053	-0.5176	0.0038	-0.2591	-0.2161	-0.1853	-0.1631	0.4853	0.2626	0	0.4623	0.1052	0.0869	0.4725	0.0537	0.3681	40.5945	8.8293	81.3697
10	0.0382	-0.0117	-0.0267	0.0756	0.0353	0.0199	-0.0458	-0.2744	0.067	0.2449	0.312	-0.2604	-0.3598	0.3685	-0	0.3035	-0.0151	0.0003	0.3079	-0.0309	0.316	39.162	23.7887	78.4804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 74 through 107 )	A	74 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 108 through 126 )	A	108 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 256 )	A	127 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 257 through 273 )	A	257 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 71 through 109 )	B	71 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 110 through 173 )	B	110 - 173
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 205 )	B	174 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 206 through 270 )	B	206 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 271 through 281 )	B	271 - 281
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 282 through 296 )	B	282 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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