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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7efg | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA kink-turn motif | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / Kink-turn motif | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Kondo, J. / Nagashima, M. | 資金援助 | 1件 |
![]() ![]() タイトル: RNA kink-turn motif 著者: Kondo, J. / Nagashima, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7efhC ![]() 4cs1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6233.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: sodium cacodylate, MPD, spermine tetrahydrochloride, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→37.53 Å / Num. obs: 2386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 33.53 % / Biso Wilson estimate: 41.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 55.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 33.54 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 15.98 / Num. unique obs: 177 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4CS1 解像度: 2.6→37.53 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.65 Å2 | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.53 Å
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LS精密化 シェル |
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