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- PDB-7eeu: Human p53 core domain with hot spot mutation R282W in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eeu
タイトルHuman p53 core domain with hot spot mutation R282W in complex with the natural CDKN1A(p21) p53-response element and Arsenic
要素
  • CDKN1A(p21) anti-sense strand
  • CDKN1A(p21) sense strand
  • Cellular tumor antigen p53
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-binding domain / complex / DNA-bound / Arsenic-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 14-3-3 protein binding / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / response to salt stress
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xing, Y.F. / Lu, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861130368 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human p53 core domain with hot spot mutation R282W in complex with the natural CDKN1A(p21) p53-response element and Arsenic
著者: Xing, Y.F. / Lu, M.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
E: Cellular tumor antigen p53
F: Cellular tumor antigen p53
G: Cellular tumor antigen p53
H: Cellular tumor antigen p53
I: CDKN1A(p21) sense strand
J: CDKN1A(p21) anti-sense strand
K: CDKN1A(p21) sense strand
L: CDKN1A(p21) anti-sense strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,50730
ポリマ－217,17312
非ポリマー1,33518
水28816
1
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
I: CDKN1A(p21) sense strand
J: CDKN1A(p21) anti-sense strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,14814
ポリマ－108,5866
非ポリマー5618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Cellular tumor antigen p53
F: Cellular tumor antigen p53
G: Cellular tumor antigen p53
H: Cellular tumor antigen p53
K: CDKN1A(p21) sense strand
L: CDKN1A(p21) anti-sense strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,36016
ポリマ－108,5866
非ポリマー77410
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.815, 95.575, 99.646
Angle α, β, γ (deg.)89.620, 89.850, 75.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
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125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H
129I
229K
130J
230L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
21SERSERLYSLYSBB95 - 2922 - 199
12SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
22SERSERLYSLYSCC95 - 2922 - 199
13SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
23SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
14SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
24SERSERLYSLYSEE95 - 2922 - 199
15SERSERLYSLYSAA96 - 2913 - 198
25SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
16SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
26SERSERLYSLYSGG95 - 2922 - 199
17SERSERLYSLYSAA95 - 2922 - 199
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18SERSERLYSLYSBB95 - 2922 - 199
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19SERSERLYSLYSBB95 - 2922 - 199
29SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
110SERSERLYSLYSBB95 - 2922 - 199
210SERSERLYSLYSEE95 - 2922 - 199
111SERSERLYSLYSBB96 - 2913 - 198
211SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
112SERSERLYSLYSBB95 - 2922 - 199
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213SERSERLYSLYSHH95 - 2922 - 199
114SERSERLYSLYSCC95 - 2922 - 199
214SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
115SERSERLYSLYSCC95 - 2922 - 199
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116SERSERLYSLYSCC96 - 2913 - 198
216SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
117SERSERLYSLYSCC95 - 2922 - 199
217SERSERLYSLYSGG95 - 2922 - 199
118SERSERLYSLYSCC95 - 2922 - 199
218SERSERLYSLYSHH95 - 2922 - 199
119SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
219SERSERLYSLYSEE95 - 2922 - 199
120SERSERLYSLYSDD96 - 2913 - 198
220SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
121SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
221SERSERLYSLYSGG95 - 2922 - 199
122SERSERLYSLYSDD95 - 2922 - 199
222SERSERLYSLYSHH95 - 2922 - 199
123SERSERLYSLYSEE96 - 2913 - 198
223SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
124SERSERLYSLYSEE95 - 2922 - 199
224SERSERLYSLYSGG95 - 2922 - 199
125SERSERLYSLYSEE95 - 2922 - 199
225SERSERLYSLYSHH95 - 2922 - 199
126SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
226SERSERLYSLYSGG96 - 2913 - 198
127SERSERLYSLYSFF96 - 2913 - 198
227SERSERLYSLYSHH96 - 2913 - 198
128SERSERLYSLYSGG95 - 2922 - 199
228SERSERLYSLYSHH95 - 2922 - 199
129DCDCDGDGII1 - 301 - 30
229DCDCDGDGKK1 - 301 - 30
130DCDCDGDGJJ1 - 301 - 30
230DCDCDGDGLL1 - 301 - 30

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 22534.598 Da / 分子数: 8 / 変異: R282W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 IKJL

#2: DNA鎖 CDKN1A(p21) sense strand


分子量: 9232.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 CDKN1A(p21) anti-sense strand


分子量: 9214.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 34分子

#4: 化合物
ChemComp-ARS / ARSENIC / アルシン


分子量: 74.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: As / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0, 10% w/v PEG 4000, 2mM EDTA and 2mM As2O3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03314 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03314 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.739
11-h,-k,l20.261
反射解像度: 2.88→46.32 Å / Num. obs: 52345 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-2.993.90.5761802146140.9310.3360.6672.190.1
11.96-46.323.60.04226647460.9970.0260.0522.290

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J1Y

2j1y


解像度: 2.9→45.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 11.991 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 2623 5.2 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.2353 47968 84.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 225.87 Å2 / Biso mean: 82.75 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--86.45 Å221.77 Å2-7.02 Å2
2---60.64 Å29.07 Å2
3---147.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→45.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12482 2460 30 16 14988
Biso mean--111.05 59.55 -
残基数----1703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01815602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0213282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.80421598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4813.00330652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45851575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64722.432592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.376152151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.47915136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02115925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023647
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110670.1
12B110670.1
21A110170.09
22C110170.09
31A110870.1
32D110870.1
41A113710.07
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51A110190.09
52F110190.09
61A110420.09
62G110420.09
71A110010.11
72H110010.11
81B108970.1
82C108970.1
91B109000.11
92D109000.11
101B109950.1
102E109950.1
111B109960.09
112F109960.09
121B109050.1
122G109050.1
131B108270.12
132H108270.12
141C110640.09
142D110640.09
151C109720.1
152E109720.1
161C108900.1
162F108900.1
171C112340.08
172G112340.08
181C109940.1
182H109940.1
191D110530.11
192E110530.11
201D108660.1
202F108660.1
211D111500.1
212G111500.1
221D112010.1
222H112010.1
231E109620.1
232F109620.1
241E110000.1
242G110000.1
251E109570.11
252H109570.11
261F109090.1
262G109090.1
271F108460.11
272H108460.11
281G111270.1
282H111270.1
291I24290.03
292K24290.03
301J24460.06
302L24460.06
LS精密化 シェル解像度: 2.882→2.957 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 165 -
Rwork0.362 2785 -
all-2950 -
obs--66.34 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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