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万見
- PDB-7eek: Structure of Human serum albumin-Au compound complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eek
タイトルStructure of Human serum albumin-Au compound complex
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Delivery / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J2O / PALMITOLEIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, F. / Zhang, J.Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Human serum albumin-Au compound complex
著者: Yang, F. / Zhang, J.Z.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,54916
ポリマ－132,6862
非ポリマー3,86314
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2758
ポリマ－66,3431
非ポリマー1,9327
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2758
ポリマ－66,3431
非ポリマー1,9327
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.187, 92.207, 95.435
Angle α, β, γ (deg.)105.210, 89.680, 100.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66342.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia kudriavzevii (酵母) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-J2O / 11-methyl-2-oxa-4-thia-6,7-diaza-3$l^{3}-auratricyclo[7.4.0.0^{3,7}]trideca-1(13),5,9,11-tetraen-5-amine


分子量: 405.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10AuN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MPD, DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 36829 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.877 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5420.22617880.2790.3050.4810.7683.6
2.54-2.592.10.36516880.6210.2850.4660.98479.5
2.59-2.642.10.34916160.6650.2730.4460.90775.5
2.64-2.692.20.34915670.6640.2650.4410.94472.6
2.69-2.752.40.32619030.830.2420.4080.92686.8
2.75-2.822.40.31319110.8440.230.390.88189.6
2.82-2.892.50.30319630.870.220.3760.95491.3
2.89-2.962.60.28519480.8990.2040.3520.95789.8
2.96-3.052.60.25619310.9030.1820.3150.91390.7
3.05-3.152.70.23219510.90.1640.2850.96889.7
3.15-3.262.70.218870.9120.1410.2460.95488.6
3.26-3.392.70.16719230.9240.1190.2060.92388.3
3.39-3.552.70.14818360.9450.1040.1820.95684.6
3.55-3.732.80.13317650.9520.0920.1630.95282.3
3.73-3.972.80.12115550.950.0860.1490.95572.4
3.97-4.272.80.10219230.9680.0710.1250.85888.1
4.27-4.72.90.09619430.9730.0650.1170.83990.8
4.7-5.383.10.09119710.9750.060.1090.7691.2
5.38-6.783.20.08718990.9780.0560.1040.61988.2
6.78-503.30.10218610.970.0660.1220.76486.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BJ5

1bj5


解像度: 2.5→46.1 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2381 --
obs-34352 97.6 %
原子変位パラメータBiso max: 196.94 Å2 / Biso mean: 35.8799 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9270 0 232 0 9502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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