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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7edd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a serine protease from Streptococcus pyogenes | ||||||
要素 | C5a peptidase | ||||||
キーワード | LYASE / Subtilisin like / Cell adhesion / Protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 C5a peptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.897 Å | ||||||
データ登録者 | Jobichen, C. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: The Autocatalytic Cleavage Domain Is Not Required for the Activity of ScpC, a Virulence Protease from Streptococcus pyogenes : A Structural Insight. 著者: Jobichen, C. / Ying Chong, T. / Hui Ling, T. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7edd.cif.gz | 293.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7edd.ent.gz | 226.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7edd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7edd_validation.pdf.gz | 477.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7edd_full_validation.pdf.gz | 503.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7edd_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7edd_validation.cif.gz | 70.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5xyrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 168207.438 Da / 分子数: 1 / 変異: deletions 214-274,527-532 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: scpC 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q3HV58, C5a peptidase |
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-非ポリマー , 7種, 94分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.65 詳細: 0.2 M MgCl Hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.65, 28% PEG 3500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.897→50 Å / Num. obs: 60944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 2973 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XYR 解像度: 2.897→48.37 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.897→48.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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