PDB-7edc: Crystal structure of mutant tRNA [Gm18] methyltransferase TrmH (E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7edc

タイトル

Crystal structure of mutant tRNA [Gm18] methyltransferase TrmH (E107G) in complex with S-adenosyl-L-methionine from Escherichia coli

要素

tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA modification / 2-O' methylation / TrmH /

Escherichia coli (大腸菌)

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanosine18-2'-O)-methyltransferase / tRNA guanine ribose methylation / : / tRNA (uracil-2'-O-)-methyltransferase activity /

tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.946 Å

データ登録者

Kono, Y. / Ito, A. / Okamoto, A. / Yamagami, R. / Hirata, A. / Hori, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unique substrate specificity of type II tRNA Gm18 methyltransferase from Escherichia coli
著者: Kono, Y. / Ito, A. / Okamoto, A. / Yamagami, R. / Hirata, A. / Hori, H.

履歴

登録	2021年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7edc.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7edc.ent.gz	44.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7edc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.791, 60.942, 67.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 122.965, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	tRNA (guanosine(18)-2'-O)-methyltransferase / tRNA [Gm18] methyltransferase 分子量: 27472.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C3SM77, tRNA (guanosine18-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG6000, HEPES, MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.946→50 Å / Num. obs: 21319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.96 / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 41.9
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1060 / CC_1/2: 0.734 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.946→30.977 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.066 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	1110	5.207 %
R_work	0.2024	20209	-
all	0.204	-	-
obs	-	21319	99.436 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.254 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	0 Å²	-0.004 Å²
2-	-	0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.946→30.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1820	0	32	66	1918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.639	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.336	1.577	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.903	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.691	21.5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.94	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.041	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.159	4.465	950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.088	4.466	950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.192	6.677	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.191	6.681	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.208	5.105	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.133	5.102	944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.331	7.45	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.29	7.446	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.038	54.021	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.048	54.003	2080

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.946-1.996	0.306	80	0.287	1462	X-RAY DIFFRACTION	97.9048
1.996-2.051	0.312	79	0.259	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.051-2.11	0.264	90	0.248	1389	X-RAY DIFFRACTION	99.865
2.11-2.175	0.271	75	0.225	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
2.175-2.246	0.287	85	0.216	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.246-2.325	0.28	65	0.222	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.9267
2.325-2.413	0.329	59	0.215	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.9235
2.413-2.511	0.252	58	0.21	1217	X-RAY DIFFRACTION	99.9216
2.511-2.622	0.226	64	0.194	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.622-2.75	0.248	59	0.194	1114	X-RAY DIFFRACTION	99.9148
2.75-2.898	0.225	53	0.208	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.898-3.073	0.254	67	0.21	991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.073-3.284	0.225	52	0.216	921	X-RAY DIFFRACTION	99.8973
3.284-3.545	0.278	44	0.205	874	X-RAY DIFFRACTION	99.7826
3.545-3.882	0.23	48	0.199	792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.882-4.336	0.183	45	0.171	742	X-RAY DIFFRACTION	99.7465
4.336-4.999	0.216	24	0.162	641	X-RAY DIFFRACTION	99.8499
4.999-6.105	0.258	26	0.209	560	X-RAY DIFFRACTION	100
6.105-8.56	0.273	31	0.195	427	X-RAY DIFFRACTION	98.9201
8.56-30.977	0.14	6	0.244	192	X-RAY DIFFRACTION	74.1573

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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