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- PDB-7ecg: Crystal Structure of d(G4C2)2-Ba in F222 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ecg
タイトルCrystal Structure of d(G4C2)2-Ba in F222 space group
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Geng, Y. / Liu, C. / Cai, Q. / Luo, Z. / Zhu, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of parallel G-quadruplex formed by the two-repeat ALS- and FTD-related GGGGCC sequence.
著者: Geng, Y. / Liu, C. / Cai, Q. / Luo, Z. / Miao, H. / Shi, X. / Xu, N. / Fung, C.P. / Choy, T.T. / Yan, B. / Li, N. / Qian, P. / Zhou, B. / Zhu, G.
履歴
登録2021年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9238
ポリマ－11,2363
非ポリマー6875
水19811
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,63016
ポリマ－14,9824
非ポリマー1,64812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x-1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation14_455-x-1/2,-y+1/2,z1
2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5318
ポリマ－14,9824
非ポリマー5494
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_445-x-1/2,-y-1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.613, 60.817, 109.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

BA

21A-102-

BA

31A-205-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DC / End label comp-ID: DC / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 121 - 12
21CC1 - 121 - 12
12BB1 - 111 - 11
22CC1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3745.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 40 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 7.0, 10% MPD, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 80 mM KCl and 20 mM MgCl2 with the reservoir buffer of 17.5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 6636 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 3.051 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 69658
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.97-25.60.873010.7510.3750.9520.69693.2
2-2.046.60.7993220.9210.3060.8580.62796.7
2.04-2.087.60.7683310.930.2780.8190.71699.4
2.08-2.128.40.6353200.3820.2360.6811.54299.4
2.12-2.179.90.6453560.9630.2060.6780.83698.6
2.17-2.2211.10.5613180.9790.1720.5870.833100
2.22-2.2711.70.5083390.990.1520.530.7899.1
2.27-2.34120.4173310.9870.1230.4360.90999.4
2.34-2.412.30.3123370.990.0910.3251.111100
2.4-2.4811.10.2233060.9930.0680.2331.38295.3
2.48-2.5712.10.1913430.9940.0570.21.56698.3
2.57-2.6713.50.1453200.9970.0410.1511.702100
2.67-2.812.90.153630.9940.0440.1572.191100
2.8-2.9412.50.1193250.9950.0370.1252.97199.4
2.94-3.1311.80.0883320.9990.0290.0933.35699.1
3.13-3.3711.30.0683250.9970.0230.0724.75496.4
3.37-3.719.80.0743190.9990.0250.0786.13792.7
3.71-4.24110.0663470.9980.0210.077.667100
4.24-5.359.80.0623510.9960.0210.0667.87799.7
5.35-508.30.0633500.9970.0220.06713.91192.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 304 4.6 %RANDOM
Rwork0.2357 ---
obs0.2366 6332 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.47 Å2 / Biso mean: 65.621 Å2 / Biso min: 29.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.82 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 690 5 11 706
Biso mean--53.75 59.14 -
残基数----33
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.011776
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.1261196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5453861
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02198
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A8620.11
12C8620.11
21B7870.13
22C7870.13
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.016 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 17 -
Rwork0.414 411 -
obs--89.17 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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