+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ecg | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of d(G4C2)2-Ba in F222 space group | ||||||||||||||||||||
Components | DNA (5'-D(*Keywords | DNA / G-quadruplex | Function / homology | : / DNA / DNA (> 10) | Function and homology information Biological species | Homo sapiens (human) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.97 Å | Authors | Geng, Y. / Liu, C. / Cai, Q. / Luo, Z. / Zhu, G. | Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 | Title: Crystal structure of parallel G-quadruplex formed by the two-repeat ALS- and FTD-related GGGGCC sequence. Authors: Geng, Y. / Liu, C. / Cai, Q. / Luo, Z. / Miao, H. / Shi, X. / Xu, N. / Fung, C.P. / Choy, T.T. / Yan, B. / Li, N. / Qian, P. / Zhou, B. / Zhu, G. History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ecg.cif.gz | 29.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7ecg.ent.gz | 20 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ecg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ecg_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7ecg_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 7ecg_validation.xml.gz | 3.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7ecg_validation.cif.gz | 3.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ecg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ecg | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DC / End label comp-ID: DC / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
#1: DNA chain | Mass: 3745.416 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #2: Chemical | ChemComp-BA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.35 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation / pH: 7 Details: 40 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 7.0, 10% MPD, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 80 mM KCl and 20 mM MgCl2 with the reservoir buffer of 17.5% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97913 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97913 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. obs: 6636 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 3.051 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 69658 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.97→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2129 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.171 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.47 Å2 / Biso mean: 65.621 Å2 / Biso min: 29.69 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.97→24.81 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.016 Å / Rfactor Rfree error: 0
|