PDB-7ebp: The structural analysis of A.Muciniphila sulfatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ebp

タイトル

The structural analysis of A.Muciniphila sulfatase

要素

Sulfatase

キーワード

HYDROLASE / Akkermansia Muciniphila Sulfatase Mucin

機能・相同性

N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Sulfatase

機能・相同性情報

生物種

Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.80000050381 Å

データ登録者

Bao, R. / Li, C.C. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	2016YFA0502700	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81670008	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81871615	中国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the sulfatase AmAS from Akkermansia muciniphila.
著者: Li, C.C. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G. / Tong, A.P. / Tang, H. / Bao, R.

履歴

登録	2021年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ebp.cif.gz	687.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ebp.ent.gz	516.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ebp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ebp_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ebp_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7ebp_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	7ebp_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ebqC 5g2vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfatase

B: Sulfatase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.342, 112.722, 165.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Sulfatase 分子量: 60727.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア) 株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_1074 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UR15
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.11M Sodium HEPES, 18% w/v PEG 8000, pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→39.36 Å / Num. obs: 117585 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 19.4404838983 Å² / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 39.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 7847 / R_rim(I) all: 0.268

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G2V

5g2v

解像度: 1.80000050381→33.2885624865 Å / SU ML: 0.165023622558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45755678847 / 位相誤差: 19.9741508589

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.20891334749	5718	5.11943559073 %
R_work	0.186213200819	105974	-
obs	0.187402578451	111692	99.9239557333 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.8139994501 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.80000050381→33.2885624865 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8445	0	14	551	9010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013926654579	8706
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.51727726411	11793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0903579948736	1192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00718719687133	1534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.489227536	3257

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.8205	0.22986744161	202	0.215545544449	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.9726551818
1.8205-1.8419	0.235650510835	228	0.206893958962	3473	X-RAY DIFFRACTION	99.8920377868
1.8419-1.8643	0.221993328291	212	0.20762063897	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.238784795905	194	0.206233896405	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.231331057475	177	0.199774151467	3503	X-RAY DIFFRACTION	99.9456816947
1.9128-1.939	0.231607536521	180	0.20403129452	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.9729144095
1.939-1.9667	0.241029349745	190	0.195325962278	3501	X-RAY DIFFRACTION	99.9458434877
1.9667-1.996	0.232516081575	166	0.204614636232	3507	X-RAY DIFFRACTION	99.9183895539
1.996-2.0272	0.231026307799	194	0.207428566256	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0604	0.238572585502	166	0.208889141667	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.096	0.232020693571	163	0.198836230846	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.219946639809	191	0.200848336598	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1751	0.233828396661	189	0.205248148067	3470	X-RAY DIFFRACTION	99.9726775956
2.1751-2.2195	0.209945025456	189	0.196323067916	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2677	0.221475138697	177	0.194643160604	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.9726477024
2.2677-2.3205	0.235403092194	195	0.198425496392	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3205-2.3785	0.221388567507	201	0.200602924583	3527	X-RAY DIFFRACTION	99.973183159
2.3785-2.4428	0.207288505607	200	0.194611614119	3512	X-RAY DIFFRACTION	99.9730676003
2.4428-2.5146	0.216182645065	190	0.200403130204	3505	X-RAY DIFFRACTION	99.8648648649
2.5146-2.5958	0.202003202398	178	0.20714961417	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5958-2.6885	0.21525568981	197	0.198139178144	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6885-2.7961	0.227950533331	176	0.206612333818	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7961-2.9233	0.238382950494	184	0.199955898563	3534	X-RAY DIFFRACTION	99.9731110514
2.9233-3.0773	0.251339594737	191	0.19759340278	3563	X-RAY DIFFRACTION	99.9467518637
3.0773-3.27	0.22006100034	187	0.200229742084	3539	X-RAY DIFFRACTION	99.9731687684
3.27-3.5222	0.216937235081	191	0.183598037094	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.9734677633
3.5222-3.8761	0.201188897609	194	0.16365563475	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8761-4.4359	0.162315881881	179	0.145194329284	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.8948475289
4.4359-5.5845	0.139372883357	235	0.140872435493	3600	X-RAY DIFFRACTION	99.7918293
5.5845-33.28	0.209524169488	202	0.173790178409	3780	X-RAY DIFFRACTION	98.8825428359

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.2924251103 Å / Origin y: 79.9615837619 Å / Origin z: 101.753375979 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.142464387519 Å²	0.0162922866766 Å²	0.0141835352609 Å²	-	0.157177444797 Å²	0.0228053839205 Å²	-	-	0.160980077177 Å²
L	0.104917639433 °²	0.157295953561 °²	0.129041828069 °²	-	0.270448106392 °²	0.199102235227 °²	-	-	0.223204195554 °²
S	0.00202850400599 Å °	-0.0108369474532 Å °	0.0243373217551 Å °	0.0234874881918 Å °	-0.0207970034735 Å °	0.0347453241085 Å °	0.00920892432027 Å °	-0.00691663739954 Å °	0.0230974082667 Å °

精密化 TLSグループ

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