+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ebp | ||||||||||||
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Title | The structural analysis of A.Muciniphila sulfatase | ||||||||||||
Components | Sulfatase | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Akkermansia Muciniphila Sulfatase Mucin | ||||||||||||
Function / homology | N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Sulfatase Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.80000050381 Å | ||||||||||||
Authors | Bao, R. / Li, C.C. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2021 Title: Structural analysis of the sulfatase AmAS from Akkermansia muciniphila. Authors: Li, C.C. / Tang, X.Y. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Zhao, N.L. / Huang, Q. / Mou, X.Y. / Luo, G.H. / Liu, T.G. / Tong, A.P. / Tang, H. / Bao, R. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ebp.cif.gz | 687.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ebp.ent.gz | 516.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ebp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ebp_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ebp_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 7ebp_validation.xml.gz | 42.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7ebp_validation.cif.gz | 62.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ebqC 5g2vS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60727.750 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (bacteria) Strain: ATCC BAA-835 / Muc / Gene: Amuc_1074 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B2UR15 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.11M Sodium HEPES, 18% w/v PEG 8000, pH6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→39.36 Å / Num. obs: 117585 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 19.4404838983 Å2 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 39.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 7847 / Rrim(I) all: 0.268 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5G2V Resolution: 1.80000050381→33.2885624865 Å / SU ML: 0.165023622558 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45755678847 / Phase error: 19.9741508589
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.8139994501 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.80000050381→33.2885624865 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 24.2924251103 Å / Origin y: 79.9615837619 Å / Origin z: 101.753375979 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |