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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ebo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a feruloyl esterase LP_0796 from Lactobacillus plantarum | ||||||
要素 | Carboxylesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / feruloyl esterase / Lactobacillus plantarum / carboxylesterase / catalytic triad | ||||||
機能・相同性 | Esterase/lipase / methyl indole-3-acetate esterase activity / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase / Serine aminopeptidase, S33 / aminopeptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Carboxylesterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H.W. / Wang, Y.L. / Xin, F.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021 タイトル: A reverse catalytic triad Asp containing loop shaping a wide substrate binding pocket of a feruloyl esterase from Lactobacillus plantarum. 著者: Zhang, H. / Wen, B. / Liu, Y. / Du, G. / Wei, X. / Imam, K.M.S.U. / Zhou, H. / Fan, S. / Wang, F. / Wang, Y. / Xin, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ebo.cif.gz | 199.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ebo.ent.gz | 158.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ebo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ebo_validation.pdf.gz | 735.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ebo_full_validation.pdf.gz | 740.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ebo_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ebo_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1tqhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27953.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) 株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: lp_0796 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F9UM18, carboxylesterase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5 and 25% polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21091 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 36.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.794 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 223710 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TQH 解像度: 2.5→49.18 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.61 Å2 / Biso mean: 40.0658 Å2 / Biso min: 16.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→49.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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