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- PDB-7eay: DNA containing Cu(II)-mediated 4-N-carboxymethylcytosine base pairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eay
タイトルDNA containing Cu(II)-mediated 4-N-carboxymethylcytosine base pairs
要素DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
キーワードDNA / metal-mediated base pair
機能・相同性: / COPPER (II) ION / : / COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kondo, J. / Terashima, A. / Yoshimura, A. / Tada, Y. / Ono, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24245037 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DNA containing Cu(II)-mediated 4-N-carboxymethylcytosine base pairs
著者: Kondo, J. / Terashima, A. / Yoshimura, A. / Tada, Y. / Ono, A.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,60246
ポリマ－44,88512
非ポリマー3,71734
水1,72996
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,12015
ポリマ－14,9624
非ポリマー1,15811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,26116
ポリマ－14,9624
非ポリマー1,29912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
3
I: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,22215
ポリマ－14,9624
非ポリマー1,26011
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.923, 155.333, 80.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
DNA鎖 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*(J0X)P*(J0X)P*GP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3740.428 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 130分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MPD, hexamine cobalt chloride, potassium chloride, sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.27 Å / Num. obs: 37324 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.373 % / Biso Wilson estimate: 54.663 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.171 / Net I/σ(I): 12.46 / Num. measured all: 125895
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.573.4770.3813.349590280827580.9290.44998.2
2.57-2.643.5230.3293.819527270927040.9370.38899.8
2.64-2.723.4770.2325.199026259925960.9720.27499.9
2.72-2.83.3240.1845.818545257125710.9790.219100
2.8-2.893.4540.1527.088598249124890.9860.1899.9
2.89-2.993.3590.1158.868035239423920.9890.13799.9
2.99-3.113.520.08311.238134231423110.9960.09799.9
3.11-3.233.4490.06513.467723224922390.9960.07799.6
3.23-3.383.3060.05115.446920210120930.9970.06199.6
3.38-3.543.2260.05615.846623207020530.9960.06799.2
3.54-3.733.2330.05416.766204193919190.9960.06599
3.73-3.963.4110.05217.646062178917770.9970.06299.3
3.96-4.233.3710.04719.35869175117410.9970.05699.4
4.23-4.573.2040.04619.765117161115970.9960.05599.1
4.57-5.013.3040.04420.214883149814780.9980.05298.7
5.01-5.63.4510.04321.054497131213030.9990.05199.3
5.6-6.473.2050.04520.183747117911690.9970.05499.2
6.47-7.923.1810.04121.3331309969840.9970.04998.8
7.92-11.23.2660.03923.1924957777640.9980.04798.3
11.2-39.273.0310.03523.411704213860.9980.04291.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.53 / 反射: 9436 / Reflection acentric: 8186 / Reflection centric: 1250
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-9.20.690.710.5812891046243
4.6-5.70.70.720.5416061383223
4-4.60.710.740.515791387192
3.4-40.680.70.4927992503296
3.2-3.40.650.670.3717171564153

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.17.1精密化
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→39.27 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 3713 9.97 %
Rwork0.2141 33538 -
obs0.2181 37251 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.03 Å2 / Biso mean: 48.4471 Å2 / Biso min: 23.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2976 136 96 3208
Biso mean--64.7 42.88 -
残基数----144
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.540.43381320.3711171130396
2.54-2.570.35081370.32413101447100
2.57-2.60.40881160.325212201336100
2.6-2.640.35511400.333812921432100
2.64-2.680.38981410.270112291370100
2.68-2.720.38791360.296512491385100
2.72-2.770.30841440.275212331377100
2.77-2.810.34461290.261212861415100
2.81-2.870.3121420.26612511393100
2.87-2.920.311440.272112251369100
2.92-2.980.28371490.281412591408100
2.98-3.050.30181360.283112041340100
3.05-3.120.30441500.236312821432100
3.12-3.190.31241430.225912421385100
3.19-3.280.21661330.18921197133099
3.28-3.380.30711340.19741256139098
3.38-3.490.2821410.20131238137999
3.49-3.610.25951330.22651241137499
3.61-3.750.24511380.22041247138599
3.76-3.930.23741430.20021254139799
3.93-4.130.21921290.16881211134099
4.13-4.390.23221420.184612561398100
4.39-4.730.20761380.17861253139199
4.73-5.20.23561330.17691235136899
5.21-5.960.18071390.17531250138999
5.96-7.490.2291380.19491236137499
7.5-39.270.16391330.20211211134496

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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