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- PDB-7eax: Crystal complex of p53-V272M and antimony ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eax
タイトルCrystal complex of p53-V272M and antimony ion
要素Cellular tumor antigen p53
キーワードANTITUMOR PROTEIN / tumor suppressor p53 / structural stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / circadian behavior / bone marrow development / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / negative regulation of DNA replication / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / necroptotic process / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of transcription factors / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / replicative senescence / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / mitophagy / cellular response to UV-C / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / hematopoietic stem cell differentiation / neuroblast proliferation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chromosome organization / T cell proliferation involved in immune response / Pyroptosis / embryonic organ development / glial cell proliferation / viral process / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / hematopoietic progenitor cell differentiation / type II interferon-mediated signaling pathway / somitogenesis / cellular response to actinomycin D / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to glucose starvation / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / response to salt stress / cardiac muscle cell apoptotic process / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 14-3-3 protein binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
ANTIMONY (III) ION / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lu, M. / Tang, Y.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81622002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861130368 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073292 中国
Other governmentShanghai Youth Talent Development Program (2017275) 中国
Other governmentShanghai Medical and Health Excellent Discipline Leader Development Plan (2018BR36) 中国
Other governmentShanghai Collaborative Innovation Center for Translational Medicine (TM201902) 中国
Other governmentFoundation of National Facility for Translational Medicine (Shanghai) (TMSK-2020-003) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Repurposing antiparasitic antimonials to noncovalently rescue temperature-sensitive p53 mutations.
著者: Tang, Y. / Song, H. / Wang, Z. / Xiao, S. / Xiang, X. / Zhan, H. / Wu, L. / Wu, J. / Xing, Y. / Tan, Y. / Liang, Y. / Yan, N. / Li, Y. / Li, J. / Wu, J. / Zheng, D. / Jia, Y. / Chen, Z. / Li, ...著者: Tang, Y. / Song, H. / Wang, Z. / Xiao, S. / Xiang, X. / Zhan, H. / Wu, L. / Wu, J. / Xing, Y. / Tan, Y. / Liang, Y. / Yan, N. / Li, Y. / Li, J. / Wu, J. / Zheng, D. / Jia, Y. / Chen, Z. / Li, Y. / Zhang, Q. / Zhang, J. / Zeng, H. / Tao, W. / Liu, F. / Wu, Y. / Lu, M.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,31212
ポリマ－87,5644
非ポリマー7498
水1,11762
1
A: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0783
ポリマ－21,8911
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
2
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0783
ポリマ－21,8911
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
3
C: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0783
ポリマ－21,8911
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
4
D: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0783
ポリマ－21,8911
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.876, 72.551, 85.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALASNASNAA97 - 2882 - 193
21VALVALASNASNBB97 - 2882 - 193
12SERSERLEULEUAA96 - 2891 - 194
22SERSERLEULEUCC96 - 2891 - 194
13VALVALASNASNAA97 - 2882 - 193
23VALVALASNASNDD97 - 2882 - 193
14VALVALASNASNBB97 - 2882 - 193
24VALVALASNASNCC97 - 2882 - 193
15VALVALLEULEUBB97 - 2892 - 194
25VALVALLEULEUDD97 - 2892 - 194
16VALVALASNASNCC97 - 2882 - 193
26VALVALASNASNDD97 - 2882 - 193

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 21890.885 Da / 分子数: 4 / 変異: V272M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P04637
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SB / ANTIMONY (III) ION


分子量: 121.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 10% w/v PEG3350 and 0.2M Magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.609
11-h,-k,l20.391
反射解像度: 2.55→42.53 Å / Num. obs: 26974 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3329 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 0.743 / Χ2: 1.01 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OCJ

2ocj


解像度: 2.55→42.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 7.712 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1264 4.7 %RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2076 25693 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.96 Å2 / Biso mean: 44.372 Å2 / Biso min: 12.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--43.9 Å2-0 Å20.18 Å2
2--67.71 Å20 Å2
3----23.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→42.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 8 62 6154
Biso mean--49.2 30.29 -
残基数----774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.6668551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0561.57313127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.90220.055362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.995151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4891569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021378
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A59160.03
12B59160.03
21A59310.05
22C59310.05
31A58950.04
32D58950.04
41B59330.05
42C59330.05
51B59740.04
52D59740.04
61C58630.04
62D58630.04
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 107 -
Rwork0.294 1886 -
all-1993 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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