PDB-7e9r: Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e9r

タイトル

Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S

要素

Sesquisabinene B synthase 1

キーワード

LYASE / Terpene synthase / Santalum album / Farnesyl Pyrophosphate / sandalwood oil

機能・相同性

機能・相同性情報

diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Santalum album (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.41 Å

データ登録者

Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S
著者: Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e9r.cif.gz	800.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e9r.ent.gz	668.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7e9r_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e9r_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7e9r_validation.xml.gz	71.2 KB	表示
CIF形式データ	7e9r_validation.cif.gz	97.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6k16S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7e9r-4 6k16-d 3n0g-2 6o9q-d 7e9r-2 7e6w-2 5zzj-4 7e9r-3 1hxa-d 6a3x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (9) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sesquisabinene B synthase 1

B: Sesquisabinene B synthase 1

C: Sesquisabinene B synthase 1

D: Sesquisabinene B synthase 1

ヘテロ分子

257 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sesquisabinene B synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
64.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sesquisabinene B synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sesquisabinene B synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Sesquisabinene B synthase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.877, 82.058, 136.830
Angle α, β, γ (deg.)	99.77, 91.55, 119.78
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sesquisabinene B synthase 1 分子量: 64181.531 Da / 分子数: 4 / 変異: G196K, T313S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Santalum album (植物) / プラスミド: pOPINSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0A0RDR2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES (pH-6.5), 0.1M Magnesium Acetate, 10% PEG 10,000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月6日
放射	モノクロメーター: Water-cooled DCM with Si (111) or Si(220) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.41→45.62 Å / Num. obs: 40630 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.931 / R_merge(I) obs: 0.247 / R_pim(I) all: 0.247 / R_rim(I) all: 0.349 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 3.41→3.55 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4530 / CC_1/2: 0.523 / R_pim(I) all: 0.757 / R_rim(I) all: 1.07 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS	Feb 1, 2021	データ削減
Aimless	1.11.21	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K16

6k16

解像度: 3.41→45.62 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2827	2163	5.32 %
R_work	0.2191	-	-
obs	0.2227	40621	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.41→45.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16424	0	8	0	16432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	16831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	22825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.713	6105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.163	2492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2900

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.41-3.49	0.3576	165	0.2979	2436	X-RAY DIFFRACTION	96
3.49-3.57	0.3425	151	0.2674	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.57-3.67	0.3296	148	0.2641	2510	X-RAY DIFFRACTION	98
3.67-3.78	0.3073	134	0.2461	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
3.78-3.9	0.3185	132	0.2346	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9-4.04	0.3145	137	0.2227	2517	X-RAY DIFFRACTION	98
4.04-4.2	0.2932	143	0.2172	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-4.39	0.2623	193	0.2085	2533	X-RAY DIFFRACTION	98
4.39-4.62	0.26	169	0.203	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
4.62-4.91	0.2886	143	0.2047	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
4.91-5.29	0.2601	129	0.2106	2561	X-RAY DIFFRACTION	99
5.29-5.82	0.2897	132	0.2368	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
5.82-6.66	0.3211	107	0.234	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
6.66-8.39	0.2445	155	0.1821	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
8.39-45.62	0.187	125	0.1578	2585	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.142	-0.1213	0.0171	0.3003	-0.1407	0.7902	-0.0229	0.0775	-0.0538	0.0136	0.0334	-0.3429	0.2327	0.0892	-0.0367	0.2203	0.0246	-0.1185	0.5016	-0.1117	0.4023	40.9416	-6.1849	2.7483
2	0.0321	0.0901	0.0561	0.377	0.1421	0.2069	0.0044	0.2321	-0.0732	0.0843	0.0241	-0.1846	-0.0526	0.2176	0.0011	0.1191	0.0423	-0.1412	0.4753	-0.0808	0.4514	48.4845	0.1171	-5.4663
3	0.4203	-0.325	0.2904	0.3958	-0.0202	0.341	0.0597	0.2355	0.0715	-0.0055	-0.1199	-0.2723	0.1347	0.124	0.0116	0.2831	-0.0239	-0.1267	0.5575	-0.0499	0.3199	26.379	-7.8636	-20.4783
4	0.1696	-0.0041	0.1445	0.1405	0.0614	0.323	-0.0563	0.3159	0.1911	-0.1474	-0.0287	-0.0433	-0.1813	-0.0395	0.0448	0.0802	-0.1079	-0.2565	0.5292	-0.1383	0.3578	23.6554	8.7726	-18.0635
5	0.3059	0.0938	-0.7395	0.0517	-0.1849	2.0049	0.1072	-0.142	0.0432	-0.0566	0.2265	0.2104	-0.047	-0.2387	-0.0784	0.4293	-0.0059	-0.1043	0.5466	0.055	0.3875	7.5476	15.6307	-81.2816
6	0.1992	-0.2083	0.2858	0.2189	-0.3497	1.1898	0.0168	-0.1931	-0.0954	0.1376	0.1567	0.0318	-0.1056	-0.0509	-0.0332	0.3548	-0.0958	-0.0987	0.6141	0.0857	0.4238	12.8065	4.9475	-62.9967
7	0.4294	-0.2035	-0.1085	0.7983	-0.2705	0.664	-0.0206	-0.1555	-0.3168	0.0548	-0.127	0.0143	0.2912	-0.2653	-0.0257	0.5478	-0.1286	-0.0923	0.5362	-0.0183	0.4496	20.9965	-11.3829	-57.7785
8	0.1761	0.042	0.1618	0.4761	-0.2256	0.5156	0.0001	-0.0712	0.1163	0.0301	0.0992	0.1373	0.3648	-0.2186	-0.0538	0.3253	-0.0423	-0.1148	0.4352	-0.0043	0.3661	16.989	-9.3055	-73.0683
9	0.4551	0.1631	-0.1547	0.5931	-0.311	0.7774	-0.1886	-0.0402	-0.2611	0.0899	0.2469	0.1169	0.1149	0.0047	-0.0095	0.2942	-0.0179	-0.0725	0.2558	-0.0273	0.48	18.3521	13.5088	-87.6437
10	0.2982	-0.1665	-0.331	0.3244	0.0561	0.759	0.0141	-0.1497	-0.0912	0.1025	0.0015	-0.0512	0.2025	0.2111	-0.0106	0.2576	0.0088	-0.0893	0.3542	-0.0973	0.2935	38.7919	18.4359	-95.1087
11	0.361	0.0542	0.0156	0.564	-0.3677	0.5776	0.088	-0.2227	-0.0444	-0.0285	-0.1977	0.0023	0.1831	0.0549	0.0002	0.2342	0.0033	-0.0997	0.2803	-0.0236	0.4092	40.5141	2.8404	-82.3502
12	0.5419	-0.1912	-0.0132	0.7749	-0.0534	0.6293	0.1575	-0.1301	0.2513	0.018	-0.0442	0.0382	0.0262	-0.0225	-0.0477	0.3167	-0.0982	-0.0754	0.4655	0.012	0.3121	22.4711	5.2742	-81.0277
13	0.1996	0.0309	-0.0774	0.3689	0.4094	0.9578	-0.0117	0.1243	-0.2446	-0.1331	0.1239	-0.0753	0.0737	0.1218	-0.0135	0.2906	-0.0542	-0.215	0.6971	-0.1273	0.7054	51.1386	36.9994	-37.023
14	0.0814	-0.0425	0.1794	0.0245	-0.101	0.3978	0.0391	0.3864	-0.1075	-0.2617	0.0912	-0.0735	-0.0021	0.1375	-0.0216	0.6925	-0.2232	0.0047	0.9874	-0.2766	0.4658	39.3072	36.0624	-55.5025
15	0.8415	0.1813	0.4167	0.5542	0.0941	0.2094	0.0779	0.112	-0.2879	-0.2134	0.13	0.1949	0.2111	-0.0386	-0.0178	0.5312	-0.2048	-0.1092	0.9448	-0.0865	0.4024	21.3123	34.9272	-60.9965
16	0.1071	0.152	0.2117	0.3766	0.2111	0.4132	-0.0491	0.1972	-0.2314	-0.2189	0.1908	-0.2051	0.0816	0.1074	-0.0458	0.3893	-0.0159	-0.1532	0.536	-0.1205	0.4874	31.2442	35.3284	-42.1826
17	0.5309	0.214	0.4076	0.9944	-0.1477	0.4197	-0.0984	0.0789	0.0425	0.1431	0.0214	0.0796	-0.0415	-0.155	0.1287	0.2382	-0.0038	-0.1515	0.5142	-0.1243	0.5112	39.1874	50.0247	-27.7051
18	0.299	0.0701	0.1528	0.4149	-0.0614	0.5805	-0.119	0.1717	0.2408	-0.0402	0.1196	0.0984	-0.1776	-0.1448	0.0223	0.2078	-0.0423	-0.1011	0.5032	-0.0736	0.3228	33.4034	65.3843	-29.4385
19	0.7438	-0.2683	-0.0539	0.5001	-0.07	0.5483	-0.1242	-0.1089	-0.0033	-0.1051	0.1842	0.2061	-0.051	-0.0731	-0.0743	0.2933	-0.0599	-0.2011	0.5228	-0.0755	0.4126	24.2139	49.0472	-38.1549
20	0.0833	-0.0579	0.2594	0.0373	-0.1597	0.9377	0.045	0.1275	-0.0831	-0.1014	-0.0064	0.2028	0.1336	-0.2772	-0.1141	0.3577	0.0143	-0.2384	0.6406	-0.0196	0.6521	3.8695	12.116	27.9313
21	0.4323	0.4087	0.041	0.4017	0.1748	1.2062	-0.0083	0.4268	0.0761	-0.294	0.1415	0.0184	0.0908	-0.1533	-0.0411	0.4302	0.1776	-0.1565	0.6366	-0.115	0.4579	9.42	23.2237	10.0302
22	0.2422	-0.2374	-0.1377	0.4252	0.1042	0.5092	0.2095	0.2639	0.2451	-0.4356	-0.1329	-0.0539	-0.1909	-0.0342	-0.0255	0.3921	0.1919	-0.0727	0.5067	0.0494	0.4907	18.8869	40.2361	9.6472
23	0.0399	0.0573	-0.0984	0.9941	-0.12	0.2284	0.0088	0.217	-0.2152	0.0636	0.038	0.4677	-0.3042	-0.2215	-0.0404	0.3846	0.1086	-0.136	0.4073	-0.0756	0.4276	8.3712	33.1268	23.7359
24	0.4883	-0.331	0.1233	0.7367	-0.4384	0.774	-0.0427	-0.0033	0.1669	0.0733	-0.005	0.2771	-0.3236	-0.0362	-0.0297	0.3453	-0.0001	-0.1225	0.381	-0.0664	0.4103	14.7571	14.1892	34.5357
25	0.5602	-0.1665	0.2304	0.2858	-0.0849	0.8166	0.0254	0.0914	0.1534	0.2095	0.0572	-0.2192	0.0503	0.3536	0.1384	0.3018	0.1028	-0.2778	0.3507	-0.1428	0.4011	36.8057	11.9786	44.0028
26	0.048	0.0338	-0.146	0.3401	-0.2227	0.4726	-0.1623	0.0617	0.2684	-0.0358	-0.1286	-0.0861	-0.0359	0.0664	-0.0772	0.1857	0.0249	-0.1761	0.3019	-0.1002	0.3741	37.2611	13.7264	33.0669
27	0.783	-0.02	-0.2791	0.6019	-0.4085	1.2511	0.1599	-0.0278	0.288	0.0594	-0.0497	-0.153	-0.2022	0.0645	0.1211	0.2799	0.1048	-0.1075	0.286	-0.0301	0.5367	34.1834	34.2739	27.8374
28	0.385	-0.1787	0.0811	0.3352	-0.0876	0.3321	-0.0337	-0.0121	-0.0609	0.0031	-0.0411	-0.0037	-0.1122	-0.0329	-0.1256	0.2557	0.3027	-0.3073	0.3467	-0.0281	0.3823	18.9058	22.3191	27.999

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 238 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 239 through 320 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 321 through 563 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 72 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 159 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 160 through 238 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 239 through 298 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 299 through 372 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 373 through 512 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 513 through 563 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 37 through 71 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 72 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 107 through 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 160 through 270 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 271 through 298 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 299 through 446 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 447 through 563 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 37 through 71 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 72 through 105 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 106 through 196 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 197 through 238 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 239 through 298 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 299 through 347 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 348 through 446 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 447 through 512 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 513 through 563 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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