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- PDB-7e9r: Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9r
タイトルCrystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S
要素Sesquisabinene B synthase 1
キーワードLYASE / Terpene synthase / Santalum album / Farnesyl Pyrophosphate / sandalwood oil
機能・相同性
機能・相同性情報


diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sesquisabinene B synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Santalum album (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP029426 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S
著者: Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年8月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Atomic clashes
詳細: The reviewer had pointed out issues with the number of clashes and also about the discrepancies with the placement of second Mg+2 atom. We have addressed both of them and refined the structure.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sesquisabinene B synthase 1
B: Sesquisabinene B synthase 1
C: Sesquisabinene B synthase 1
D: Sesquisabinene B synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,1478
ポリマ－245,0504
非ポリマー974
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.877, 82.058, 136.830
Angle α, β, γ (deg.)99.77, 91.55, 119.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Sesquisabinene B synthase 1


分子量: 61262.520 Da / 分子数: 4 / 変異: G196K, T313S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Santalum album (植物) / プラスミド: pOPINSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0A0RDR2
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES (pH-6.5), 0.1M Magnesium Acetate, 10% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月6日
放射モノクロメーター: Water-cooled DCM with Si (111) or Si(220) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.41→45.62 Å / Num. obs: 40630 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / CC1/2: 0.931 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.349 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.41→3.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4530 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.757 / Rrim(I) all: 1.07 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSFeb 1, 2021データ削減
Aimless1.11.21データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K16

6k16


解像度: 3.41→45.62 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 2160 5.32 %RANDOM
Rwork0.2381 ---
obs0.2399 40571 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16395 0 4 0 16399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12222787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6616082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.41-3.490.36841670.32692494X-RAY DIFFRACTION98
3.49-3.580.33481550.29512590X-RAY DIFFRACTION98
3.58-3.670.31991440.28582500X-RAY DIFFRACTION98
3.67-3.780.32491330.27222553X-RAY DIFFRACTION98
3.78-3.90.3091310.25872634X-RAY DIFFRACTION99
3.9-4.040.3081420.2532505X-RAY DIFFRACTION98
4.04-4.20.26511390.24532550X-RAY DIFFRACTION99
4.2-4.40.26021910.23232513X-RAY DIFFRACTION98
4.4-4.630.22431700.22482579X-RAY DIFFRACTION99
4.63-4.920.26371410.21922573X-RAY DIFFRACTION99
4.92-5.30.28461350.22382559X-RAY DIFFRACTION99
5.3-5.830.26461300.24782609X-RAY DIFFRACTION99
5.83-6.670.27671050.23922576X-RAY DIFFRACTION99
6.67-8.390.20281520.19182600X-RAY DIFFRACTION99
8.39-45.620.18821250.16892576X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30390.04710.87220.82930.18561.8069-0.06210.20350.1779-0.073-0.0455-0.12610.12170.08930.0760.1028-0.04990.06290.3223-0.03220.719832.111.202-11.508
20.91880.7453-0.39921.197-0.77561.13980.0633-0.0843-0.13970.0688-0.0538-0.09970.1333-0.0859-0.04730.3462-0.0226-0.03210.2216-0.03360.679726.4124.184-79.279
31.83581.36110.68611.64870.40931.2025-0.16780.3225-0.0896-0.24230.29230.11160.11890.1112-0.10360.2805-0.0759-0.00890.4406-0.00830.650331.74847.775-39.31
41.0804-1.1311-0.25041.8434-0.49991.10180.22270.0830.2968-0.1236-0.262-0.0544-0.0637-0.14670.04250.31540.046-0.01970.2235-0.04620.782423.09323.22926.799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )A37 - 563
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )A601
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )B37 - 563
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )B601
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )C37 - 563
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID 37:563 OR RESID 601:601 ) )C601
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 36:563 OR RESID 601:601 ) )D36 - 563
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 36:563 OR RESID 601:601 ) )D601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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