+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e9r | ||||||
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Title | Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S | ||||||
Components | Sesquisabinene B synthase 1 | ||||||
Keywords | LYASE / Terpene synthase / Santalum album / Farnesyl Pyrophosphate / sandalwood oil | ||||||
Function / homology | Function and homology information diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Santalum album (white sandalwood) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.41 Å | ||||||
Authors | Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Sesquisabinene B Synthase 1 mutant T313S Authors: Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e9r.cif.gz | 800.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e9r.ent.gz | 668.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e9r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e9r_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7e9r_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 7e9r_validation.xml.gz | 71.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7e9r_validation.cif.gz | 97.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6k16S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 64181.531 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: G196K, T313S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Santalum album (white sandalwood) / Plasmid: pOPINSS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: A0A0A0RDR2 #2: Chemical | ChemComp-MG / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES (pH-6.5), 0.1M Magnesium Acetate, 10% PEG 10,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2019 |
Radiation | Monochromator: Water-cooled DCM with Si (111) or Si(220) crystals Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.41→45.62 Å / Num. obs: 40630 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 2.2 % / CC1/2: 0.931 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.349 / Net I/σ(I): 3.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.41→3.55 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4530 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.757 / Rrim(I) all: 1.07 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6K16 Resolution: 3.41→45.62 Å / SU ML: 0.57 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.41→45.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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