PDB-7e85: SnoaL-like domain-containing protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+85

タイトル

SnoaL-like domain-containing protein

要素

SnoaL-like domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SnoaL-like domain-containing protein / hypothetical protein

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / SnoaL-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.424 Å

データ登録者

Zhuang, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SnoaL-like domain-containing protein
著者: Zhuang, J.

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e85.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e85.ent.gz	62.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e85_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e85_full_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示
XML形式データ	7e85_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	7e85_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/7e85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/7e85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dbd-d 3ki4-d 3m22-1 3u5n-1 5mbg-d 5ltp-2 3omp-2 3svn-1 3svu-1 6x8h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

C: SnoaL-like domain-containing protein

A: SnoaL-like domain-containing protein

B: SnoaL-like domain-containing protein

39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: SnoaL-like domain-containing protein

A: SnoaL-like domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SnoaL-like domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.798, 147.798, 147.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	SnoaL-like domain-containing protein 分子量: 13180.716 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: Rv3768 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72035
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.84 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Sodium acetate hydrate (pH 5.2), 2.4M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→28.99 Å / Num. obs: 21425 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.939 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.42→2.52 Å / Num. unique obs: 2215 / CC_1/2: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.424→28.986 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	1065	4.97 %
R_work	0.2014	20357	-
obs	0.204	21422	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.42 Å² / B_iso mean: 53.676 Å² / B_iso min: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.424→28.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2691	0	0	191	2882
B_iso mean	-	-	-	49.19	-
残基数	-	-	-	-	342

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.424-2.5341	0.3	120	0.224	2497	100
2.5341-2.6677	0.2543	128	0.2202	2503	100
2.6677-2.8347	0.3242	157	0.2326	2490	100
2.8347-3.0533	0.2889	138	0.2246	2506	100
3.0533-3.3602	0.2494	134	0.2048	2537	100
3.3602-3.8454	0.27	142	0.1853	2539	100
3.8454-4.8412	0.2104	116	0.1784	2606	100
4.8412-28.986	0.2506	130	0.2074	2679	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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