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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e7u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RSL mutant in complex with sugar Ligand | ||||||
![]() | Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / Lectin / Fucose / Rhodamine | ||||||
機能・相同性 | Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / Chem-R2F / Fucose-binding lectin protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, L. / Chen, G.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of RSL mutant in complex with Ligand 著者: Li, L. / Chen, G.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 182.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29005.451 Da / 分子数: 2 / 変異: R17A,R108A,R153A,R244A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-R2F / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM of NaCl; pH 7.5, Micro centrifuge tube sequentially put with RSL solution, pure buffer, and the ligand solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.01→35.26 Å / Num. obs: 37046 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4CSD 解像度: 2.1→35.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 12.864 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 159.03 Å2 / Biso mean: 36.626 Å2 / Biso min: 20.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→35.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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