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- PDB-7e7r: Crystal structure of RSL mutant in complex with Ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e7r
タイトルCrystal structure of RSL mutant in complex with Ligand
要素Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex / Lectin / Fucose / Rhodamine
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / Chem-R2F / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Li, L. / Chen, G.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RSL mutant-R17A/R108A/R199A in complex with R3F
著者: Li, L. / Chen, G.S.
履歴
登録2021年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7428
ポリマ－58,1832
非ポリマー4,5596
水7,224401
1
A: Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3714
ポリマ－29,0921
非ポリマー2,2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3714
ポリマ－29,0921
非ポリマー2,2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.427, 81.959, 97.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein,Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 29091.568 Da / 分子数: 2 / 変異: R17A,R108A,R199A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 化合物
ChemComp-R2F / 2-[2-[4-[[(2R,3S,4R,5S,6S)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]ethoxy]ethyl 2-[3,6-bis(diethylamino)-9H-xanthen-9-yl]benzoate


分子量: 759.888 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H53N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM of NaCl pH 7.5, Micro centrifuge tube sequentially put with RSL solution, pure b

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→62.64 Å / Num. obs: 49086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 647333 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.82-1.92131.4359176770390.9040.4091.4932.7
5.75-62.6411.30.0541942817180.9980.0170.05725.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CSD

4csd


解像度: 1.82→62.64 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 2402 4.93 %RANDOM
Rwork0.2499 46352 --
obs0.2516 48754 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.3 Å2 / Biso mean: 26.8866 Å2 / Biso min: 12.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→62.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 330 401 4641
Biso mean--62.72 26.01 -
残基数----514
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.860.35331200.332126942814100
1.86-1.90.34651360.314726842820100
1.9-1.940.30571390.299127052844100
1.94-1.990.28331360.278726922828100
1.99-2.040.30431280.274427122840100
2.04-2.10.25981530.270427032856100
2.1-2.170.35671360.255827042840100
2.17-2.250.31251310.245427052836100
2.25-2.340.31181310.252327152846100
2.34-2.450.2441540.239826822836100
2.45-2.580.27471380.250827432881100
2.58-2.740.29711480.252227042852100
2.74-2.950.29811540.248627432897100
2.95-3.240.28181400.237227412881100
3.24-3.710.25481570.225527422899100
3.71-4.680.25691480.212427922940100
4.68-62.640.28961530.25672891304498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99430.2690.23590.37060.23161.18360.0069-0.12690.0784-0.0162-0.04740.0358-0.0501-0.06550.0310.1242-0.00040.00220.36350.00980.1282-11.1608-13.17639.4829
22.2036-0.0218-0.24320.58630.15551.49530.01990.1583-0.0699-0.0275-0.0321-0.00910.0601-0.07980.00340.10710.0024-0.0030.2805-00.117312.089213.2965-9.62
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:501)A2 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:501)B1 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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