PDB-7e7g: 2-aminoethylphosphonate:pyruvate aminotransferase (AEPT) native

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e7g

タイトル

2-aminoethylphosphonate:pyruvate aminotransferase (AEPT) native

要素

2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / AEP degradation pathway / PaAEPT / Pseudomonas aeruginosa / Crystal structure.

機能・相同性

機能・相同性情報

2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase activity / organic phosphonate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Jia, H. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of a 2-aminoethylphosphonate:pyruvate aminotransferase from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Jia, H. / Chen, Y. / Chen, Y. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

履歴

登録	2021年2月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e7g.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e7g.ent.gz	60.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/7e7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/7e7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m32S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1m32-2 2dr1-d 1j04-2 1m32-3 3s7n-1 2o9c-1 2yri-d 2ch1-1 6rv1-1 5og0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.595, 69.207, 83.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase / 2-aminoethylphosphonate aminotransferase / AEP transaminase / AEPT 分子量: 40466.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: phnW, PA1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I434, 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase / 2-aminoethylphosphonate aminotransferase / AEP transaminase / AEPT

分子量: 40466.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: phnW, PA1310 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I434, 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG-3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 12533 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.5 Å² / R_pim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 602 / R_pim(I) all: 0.329

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1M32

1m32

解像度: 2.35→34.627 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.695 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.923 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	1227	4.859 %
R_work	0.2096	11886	-
all	0.212	-	-
obs	-	12493	99.585 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.971 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.248 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.723 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→34.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2757	0	0	13	2770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.401	1.636	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.286	5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.623	20.204	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.78	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.397	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.88	5.544	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.415	8.305	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.073	6.001	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.013	8.817	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.153	77.012	4230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.395	0.364	42	0.288	858	X-RAY DIFFRACTION	99.889
2.395-2.461	0.291	45	0.283	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.532	0.283	51	0.252	818	X-RAY DIFFRACTION	99.7704
2.532-2.61	0.337	42	0.234	783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.695	0.318	43	0.241	780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.79	0.364	34	0.246	751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.895	0.254	34	0.235	734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-3.013	0.365	30	0.241	706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.013-3.147	0.285	33	0.229	666	X-RAY DIFFRACTION	99.8571
3.147-3.3	0.259	40	0.227	644	X-RAY DIFFRACTION	99.854
3.3-3.478	0.295	35	0.204	613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.689	0.347	30	0.212	573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.689-3.943	0.188	30	0.19	548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.943-4.258	0.205	25	0.176	516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.258-4.663	0.223	15	0.187	489	X-RAY DIFFRACTION	98.8235
4.663-5.212	0.227	18	0.191	436	X-RAY DIFFRACTION	98.4816
5.212-6.014	0.239	23	0.215	394	X-RAY DIFFRACTION	99.7608
6.014-7.356	0.158	16	0.19	325	X-RAY DIFFRACTION	98.8406
7.356-10.364	0.226	13	0.159	261	X-RAY DIFFRACTION	96.8198
10.364-34.627	0.186	8	0.252	156	X-RAY DIFFRACTION	89.1304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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