[日本語] English
万見
- PDB-7e6v: The crystal structure of foot-and-mouth disease virus(FMDV) 2C pr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e6v
タイトルThe crystal structure of foot-and-mouth disease virus(FMDV) 2C protein 97-318aa
要素Protein 2C
キーワードHYDROLASE / FMDV / 2C
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type SAT 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.832 Å
データ登録者Zhang, C. / Wojdyla, J.A. / Qin, B. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: An anti-picornaviral strategy based on the crystal structure of foot-and-mouth disease virus 2C protein.
著者: Zhang, C. / Yang, F. / Wojdyla, J.A. / Qin, B. / Zhang, W. / Zheng, M. / Cao, W. / Wang, M. / Gao, X. / Zheng, H. / Cui, S.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.32022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein 2C
B: Protein 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7054
ポリマ－50,5872
非ポリマー1182
水5,855325
1
A: Protein 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3532
ポリマ－25,2941
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12030 Å2
手法PISA
2
B: Protein 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3532
ポリマ－25,2941
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.720, 40.737, 72.937
Angle α, β, γ (deg.)77.220, 84.380, 89.960
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Protein 2C


分子量: 25293.627 Da / 分子数: 2 / 変異: R134A,T135A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type SAT 2 (ウイルス)
プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B8Y0J7, RNA-directed RNA polymerase, picornain 3C, L-peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.09M Ammonium acetate, 0.045M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 13.5%w/v PEG 4000, 4% PEG P400, 5mM TECP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979081 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.832→39.719 Å / Num. obs: 67455 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.69 % / Biso Wilson estimate: 30.501 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 10786 / CC1/2: 0.597 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.832→38.48 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3376 5.01 %Random
Rwork0.2007 ---
obs0.2031 67424 93.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.42 Å2 / Biso mean: 36.37 Å2 / Biso min: 10.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.832→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3176 0 14 325 3515
Biso mean--36.83 38.28 -
残基数----405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.832-1.85770.34191290.3419250491
1.8577-1.88550.33261420.3143269994
1.8855-1.91490.35841390.3172264793
1.9149-1.94630.30881390.2909268093
1.9463-1.97990.2961400.2714265995
1.9799-2.01590.28431480.25278394
2.0159-2.05460.31331450.2523269995
2.0546-2.09660.31941330.2518259592
2.0966-2.14220.29921470.2354275995
2.1422-2.1920.26361410.2278265495
2.192-2.24680.29121360.2239267293
2.2468-2.30750.29491360.2203254890
2.3075-2.37540.21441460.2069269894
2.3754-2.45210.24261430.1959275695
2.4521-2.53970.28941420.204269795
2.5397-2.64140.21141430.1905267194
2.6414-2.76160.25151280.198235483
2.7616-2.90710.23241430.1815275995
2.9071-3.08920.23961410.1813272995
3.0892-3.32760.21991410.1891267395
3.3276-3.66220.2261440.1753275494
3.6622-4.19160.19471390.1561265494
4.1916-5.27880.22391460.1562270595
5.2788-38.4770.26761450.2088269995

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る