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- PDB-7e6r: Crystal structure of HCoV-NL63 3C-like protease,pH5.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e6r
タイトルCrystal structure of HCoV-NL63 3C-like protease,pH5.6
要素3C-like proteinase
キーワードVIRAL PROTEIN / HCoV-NL63 3C-like protease
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Pectin lyase fold/virulence factor / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. ...Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Pectin lyase fold/virulence factor / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus NL63 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gao, H.X. / Zhang, Y.T. / Zhong, F.L. / Zhou, X.L. / Li, J. / Zhang, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of human coronavirus NL63 main protease at different pH values
著者: Gao, H. / Zhang, Y. / Jiang, H. / Hu, X. / Zhang, Y. / Zhou, X. / Zhong, F. / Lin, C. / Li, J. / Luo, J. / Zhang, J.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5262
ポリマ－65,5262
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.136, 82.902, 63.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.713, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLP


分子量: 32763.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus NL63 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0C6U6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium citrate, pH5.6, 2% Tacsimate(pH5.0), 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→60.52 Å / Num. obs: 49375 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.2894691852 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 3558 / CC1/2: 0.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E6L

7e6l


解像度: 1.9→60.52 Å / SU ML: 0.176280457739 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33722732222 / 位相誤差: 22.182686881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222442851865 2377 4.82551411925 %
Rwork0.18696736093 46882 -
obs0.188700271271 49259 99.3946609092 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.908798125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4464 0 0 282 4746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006508373308214566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8801524776426217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0566038874711711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00522081796998798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.322576863472603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9340.3416517653111360.2941352771842666X-RAY DIFFRACTION96.0246744345
1.934-1.97610.2823095013941360.2312935835982755X-RAY DIFFRACTION99.6209510682
1.9761-2.02210.2359995883161460.1965836481862731X-RAY DIFFRACTION100
2.0221-2.07260.2428986777531400.1905945301032750X-RAY DIFFRACTION99.9654098928
2.0726-2.12870.241357328941470.17920060162777X-RAY DIFFRACTION100
2.1287-2.19130.2282161452471300.1898523317212771X-RAY DIFFRACTION100
2.1913-2.2620.2633945693421350.227905239642715X-RAY DIFFRACTION98.3436853002
2.262-2.34290.2411508314911560.1979570303482694X-RAY DIFFRACTION97.9381443299
2.3429-2.43670.2687186710251390.1999519661982764X-RAY DIFFRACTION100
2.4367-2.54760.2149157456571260.1979381774882781X-RAY DIFFRACTION99.9656121045
2.5476-2.68190.2530877041891430.2045763902582765X-RAY DIFFRACTION99.9656239257
2.6819-2.84990.2706581797441310.2057903370932790X-RAY DIFFRACTION100
2.8499-3.070.2480621137231240.2049361165342802X-RAY DIFFRACTION99.9658353263
3.07-3.37890.2258520148121540.1979731097292777X-RAY DIFFRACTION100
3.3789-3.86780.2103558010131470.1744570252442758X-RAY DIFFRACTION100
3.8678-4.87270.2020979419881510.1521270415682795X-RAY DIFFRACTION100
4.8727-60.520.1544177801571360.1617135712522791X-RAY DIFFRACTION97.9912956143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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