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- PDB-7e5q: Crystal Structure of Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5q
タイトルCrystal Structure of Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis at acidic pH
要素Deferrochelatase/peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / ferredoxin like fold / heme / acidic
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / membrane => GO:0016020 / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / Deferrochelatase / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Deferrochelatase/peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dhankhar, P. / Dalal, V. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-1088-BIO インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structural insights at acidic pH of dye-decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis.
著者: Dhankhar, P. / Dalal, V. / Sharma, A.K. / Kumar, P.
履歴
登録2021年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,18347
ポリマ－80,4712
非ポリマー3,71245
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.855, 117.342, 135.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Deferrochelatase/peroxidase


分子量: 40235.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: efeB, GS595_16230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6G2J275, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

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非ポリマー , 9種, 613分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, 1M LiCl, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.344 Å / Num. obs: 52281 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Num. unique obs: 7225 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 5.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KMM

6kmm


解像度: 1.9→44.344 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 2000 3.84 %RANDOM
Rwork0.1802 50072 --
obs0.1823 52072 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.05 Å2 / Biso mean: 39.6611 Å2 / Biso min: 19.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5431 0 232 568 6231
Biso mean--44.23 47.2 -
残基数----707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8477865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0994690
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.94750.35821430.3172357299
1.9475-2.00020.34431390.2673486100
2.0002-2.0590.2881420.23923552100
2.059-2.12550.29881410.22543528100
2.1255-2.20150.28451410.21473549100
2.2015-2.28960.2711430.20693557100
2.2896-2.39380.27611430.19513569100
2.3938-2.520.2781400.1977352799
2.52-2.67790.26321410.1877352999
2.6779-2.88460.25861430.1841358099
2.8846-3.17480.25211440.17983589100
3.1748-3.6340.22821430.1518359299
3.634-4.57770.17611470.14366899
4.5777-44.3440.19171500.1794377498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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