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- PDB-7e4w: Human Transcriptional Co-activator PC4 (C-terminal Domain) in spa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e4w
タイトルHuman Transcriptional Co-activator PC4 (C-terminal Domain) in space group P1211
要素Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
キーワードTRANSCRIPTION / HUMAN TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA metabolic process / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II ...negative regulation of DNA metabolic process / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / ssDNA-binding transcriptional regulator
類似検索 - ドメイン・相同性
Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dev, A. / Pandey, B. / Basu, G.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/Med-II/NIBMG/SyMeC/2014/Vol.II インド
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Insights on the disruption of the complex between human positive coactivator 4 and p53 by small molecules.
著者: Pandey, B. / Dev, A. / Chakravorty, D. / Bhandare, V.V. / Polley, S. / Roy, S. / Basu, G.
履歴
登録2021年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
B: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
C: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
D: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
E: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
F: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
G: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
H: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
I: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
J: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
K: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
L: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
M: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
N: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
O: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
P: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,54416
ポリマ－124,54416
非ポリマー00
水2,360131
1
A: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
B: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
2
C: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
D: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
3
E: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
F: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8060 Å2
手法PISA
4
G: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
H: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
5
I: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
J: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
6
K: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
L: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
7
M: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
N: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
8
O: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
P: Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5682
ポリマ－15,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.012, 166.844, 108.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15 / Positive cofactor 4 / PC4 / SUB1 homolog / p14


分子量: 7784.024 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human Transcription Coactivator / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUB1, PC4, RPO2TC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P53999
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% MPD, 150-200 MM NACL, Phosphate Buffer (PH 5-5.2)
PH範囲: 5-5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月2日
放射モノクロメーター: PX-BL21 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→108.13 Å / Num. obs: 38333 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 41.79 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 3798 / CC1/2: 0.614 / % possible all: 99.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PCF

1pcf


解像度: 2.9→108.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 19.244 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.79 / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1868 4.9 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2301 36465 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.71 Å2 / Biso mean: 47.565 Å2 / Biso min: 3.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.47 Å20 Å2-1.05 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→108.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8662 0 0 131 8793
Biso mean---24.34 -
残基数----1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.97511807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.935320059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55751040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02624.165425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.204151794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1891577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021932
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 130 -
Rwork0.331 2677 -
all-2807 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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