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万見
- PDB-7e4d: Crystal structure of PlDBR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e4d
タイトルCrystal structure of PlDBR
要素Double Bond Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkenal double bond reductase / hydroxycinnamaldehyde / lignin bioengineering
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Parvibaculum lavamentivorans DS-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sugimoto, K. / Senda, M. / Senda, T.
引用ジャーナル: N Biotechnol / 年: 2022
タイトル: Exploration and structure-based engineering of alkenal double bond reductases catalyzing the C alpha C beta double bond reduction of coniferaldehyde.
著者: Kamimura, N. / Watanabe, S. / Sugimoto, K. / Senda, M. / Araki, T. / Yu, H.Y. / Hishiyama, S. / Kajita, S. / Senda, T. / Masai, E.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double Bond Reductase
B: Double Bond Reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7362
ポリマ－78,7362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.461, 87.184, 117.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNCYSCYS(chain 'A' and ((resid 3 through 5 and (name N...AA3 - 24624 - 267
12PROPROLEULEU(chain 'A' and ((resid 3 through 5 and (name N...AA261 - 322282 - 343
13GLYGLYPROPRO(chain 'A' and ((resid 3 through 5 and (name N...AA329 - 337350 - 358
24ASNASNCYSCYS(chain 'B' and ((resid 3 through 5 and (name N...BB3 - 24624 - 267
25PROPROLEULEU(chain 'B' and ((resid 3 through 5 and (name N...BB261 - 322282 - 343
26GLYGLYPROPRO(chain 'B' and ((resid 3 through 5 and (name N...BB329 - 337350 - 358

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要素

#1: タンパク質 Double Bond Reductase / PlDBR / Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein


分子量: 39368.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parvibaculum lavamentivorans DS-1 (バクテリア)
株: DS-1 / 遺伝子: Plav_1098 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7HS36

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG6000. HEPES, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.74 Å / Num. obs: 21068 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 64.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 1.028 / Num. unique obs: 2536

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.74 Å / SU ML: 0.4274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9112 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1048 4.99 %
Rwork0.221 19956 -
obs0.223 21004 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4660 0 0 0 4660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51996472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60432790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.39661470.31232792X-RAY DIFFRACTION99.93
2.74-2.910.35761490.28142820X-RAY DIFFRACTION99.97
2.91-3.130.37011480.28472795X-RAY DIFFRACTION99.83
3.13-3.450.30271460.26762811X-RAY DIFFRACTION99.83
3.45-3.950.28961490.22752844X-RAY DIFFRACTION99.9
3.95-4.970.21471510.18682889X-RAY DIFFRACTION100
4.97-48.740.21751580.19413005X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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