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万見
- PDB-7e4c: Crystal structure of MIF bound to compound11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e4c
タイトルCrystal structure of MIF bound to compound11
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE / tautomerase and cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / protein homotrimerization / chemoattractant activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBJ / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.644 Å
データ登録者Fan, C.P. / Guo, D.Y. / Yang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570762 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification and Structure-Activity Relationships of Dietary Flavonoids as Human Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Inhibitors.
著者: Yang, L. / Guo, D. / Fan, C.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,25822
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,19319
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.414, 95.414, 103.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...
21(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...
31(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 191 - 19
12GLUGLUALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA21 - 2721 - 27
13PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
14PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
15PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
16PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
17PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
18PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 19 or resid 21...AA1 - 1141 - 114
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 191 - 19
22GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB21 - 5221 - 52
23GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB54 - 7654 - 76
24PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
25PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
26PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
27PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
28PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
29PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
210PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 19 or resid 21...BB1 - 1141 - 114
31PROPROLEULEU(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 191 - 19
32GLUGLUALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC21 - 2721 - 27
33PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114
34PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114
35PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114
36PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114
37PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114
38PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 19 or resid 21...CC1 - 1141 - 114

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

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非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GBJ / 4-[(3R)-8,8-dimethyl-3,4-dihydro-2H,8H-pyrano[2,3-f]chromen-3-yl]benzene-1,3-diol / glabridin / グラブリジン


分子量: 324.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.56 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 3% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→47.71 Å / Num. obs: 66726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 14.7 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.434 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3188 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.399 / Rrim(I) all: 1.49 / Rsym value: 1.434 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIF

1mif


解像度: 1.644→47.707 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 1993 2.99 %
Rwork0.1731 64691 -
obs0.1736 66684 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.8 Å2 / Biso mean: 26.694 Å2 / Biso min: 14.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.644→47.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2596 0 58 318 2972
Biso mean--55.02 37.65 -
残基数----342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.433726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3252031
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1520X-RAY DIFFRACTION7.623TORSIONAL
12B1520X-RAY DIFFRACTION7.623TORSIONAL
13C1520X-RAY DIFFRACTION7.623TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.644-1.68490.34731380.3407449698
1.6849-1.73040.31471440.28224569100
1.7304-1.78130.22921410.24774571100
1.7813-1.83880.25481420.21344580100
1.8388-1.90460.18921430.17954612100
1.9046-1.98080.18451400.17124565100
1.9808-2.0710.20571400.15964627100
2.071-2.18020.18861410.15734566100
2.1802-2.31670.17951420.16394632100
2.3167-2.49560.24411400.1714621100
2.4956-2.74670.22061450.17494631100
2.7467-3.14410.16821430.17214658100
3.1441-3.9610.15941460.14924698100
3.961-47.7070.16791480.1694865100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.6992 Å / Origin y: -39.9689 Å / Origin z: -13.8413 Å
111213212223313233
T0.1478 Å2-0.0108 Å2-0.0109 Å2-0.1911 Å20.0165 Å2--0.2014 Å2
L1.4221 °20.0942 °20.5021 °2-0.5269 °20.206 °2--0.8947 °2
S-0.0148 Å °-0.082 Å °-0.016 Å °0.0438 Å °0.027 Å °-0.0273 Å °0.0525 Å °-0.0188 Å °-0.0108 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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