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- PDB-7e3y: Crystal structure of serine acetyltransferase from Salmonella typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e3y
タイトルCrystal structure of serine acetyltransferase from Salmonella typhimurium complexed with cysteine
要素Serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Salmonella / serine acetyltransferase / cysteine synthesis / beta-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat ...Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Momitani, K. / Shiba, T. / Sawa, T. / Ono, K. / Hurukawa, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of serine acetyltransferase from Salmonella typhimurium
著者: Momitani, K. / Shiba, T. / Sawa, T. / Ono, K. / Hurukawa, S.
履歴
登録2021年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4706
ポリマ－91,1073
非ポリマー3633
水3,675204
1
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,94012
ポリマ－182,2136
非ポリマー7276
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area20680 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area46750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.946, 121.946, 127.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Serine acetyltransferase


分子量: 30368.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: cysE, cysE_2, A3104_05010, A3S30_03325, A3T81_03865, A3U32_05910, A3V03_14155, A3V89_00605, A3W57_03750, A3W75_06805, A3X15_00605, A3X55_00080, A3Y76_07725, A4N07_07765, A4O05_19775, A4O41_ ...遺伝子: cysE, cysE_2, A3104_05010, A3S30_03325, A3T81_03865, A3U32_05910, A3V03_14155, A3V89_00605, A3W57_03750, A3W75_06805, A3X15_00605, A3X55_00080, A3Y76_07725, A4N07_07765, A4O05_19775, A4O41_01790, A4R48_08690, A6D61_11790, AAA76_11610, AAB27_17455, AAB79_19720, AAC35_03385, ADQ28_09935, AF497_17930, AGM99_05360, AHN93_11890, AKH62_19345, AL144_08155, AL184_10015, AQ530_12860, AU613_13940, AVA38_11285, AVC05_03655, AVL16_07290, AWT30_08190, AXX99_15290, B1265_05120, B1398_09425, B1642_06975, B1P38_09830, B2E31_11880, B4V59_11595, B4W90_05495, B6362_02975, B7Q27_05115, B8Y16_03260, B8Z46_05940, B9C90_02855, B9C96_10315, B9M14_04925, B9O84_11950, BBQ66_14075, BIC00_08425, BIC13_02980, BK110_05315, BMS46_12410, BMU56_14195, BZ203_17890, BZZ88_00085, C5W43_16620, CA117_16150, CB102_05545, CB119_09360, CB198_17655, CB380_03895, CB535_00535, CB570_01590, CB646_00635, CBM67_04090, CBM76_13420, CBZ90_18180, CC339_16980, CC403_03935, CC453_00590, CC652_10560, CC971_08005, CCP17_05370, CDZ72_00595, CE70_05120, CED07_09290, CEQ70_11555, CFF58_15825, CFF59_21655, CHN22_12630, CIX60_11455, CPS79_04380, CQO33_02455, CSG22_16060, CVR97_16460, D4361_00625, D4387_02705, D4422_07755, D5823_17275, D5N86_07340, D5N95_00625, D5O82_09835, D5P17_09450, D5X47_03495, D5Y28_11620, D6422_07495, D6J79_02960, D8S24_00615, DD95_17050, DLB93_00625, DLR28_04410, DMI89_02470, DMO92_11510, DN165_05750, DNB97_11225, DNM27_07805, DNZ37_00625, DO533_17560, DP680_00625, DPB42_19835, DPD91_15055, DPF41_12545, DPF68_06335, DPS76_06820, DQD22_05835, DQR44_03500, DRM14_09405, DRR75_03105, DRT38_09905, DRT61_17240, DRV05_06840, DSF94_02935, DSG41_06155, DTF68_09510, DU071_11515, DU223_00560, DU657_09035, DU879_06680, DUV75_05150, DWU22_22860, DY580_11620, DYM27_08180, E0935_00610, E1A11_05640, E6W45_05260, EBD14_00615, EBK21_06025, EC404_07825, EEQ30_12730, EER35_03800, EHB09_10780, EL822_05165, ELS01_06130, EPB30_05915, EQG93_08200, EVY71_04300, EW905_00545, F0D96_11380, F2P00_06975, F3Q97_08320, F3R12_09715, F9G02_14295, F9O44_21530, FE758_20235, FEM52_11865, FGZ46_07805, FJM64_04730, FQC24_04900, G0038_06275, G0040_06595, G0042_11960, G0045_10175, G0047_05335, G0048_08845, G0051_05405, G0052_10600, G0059_05680, G0061_07930, G0062_08515, G0063_08400, G0067_09010, G0069_08585, G0070_07605, G0071_06945, G0072_14235, G0074_09985, G0076_07235, G0077_08775, G0080_10635, G0084_11395, G0086_10900, G0087_08845, G0088_07935, G0089_04955, G0090_03505, G0094_03735, G0100_14185, G0101_08035, G0102_07730, G0111_07360, G0113_08830, G0117_05565, G0123_08845, G0124_08575, G0148_07605, G0157_08260, G0170_09580, G0A05_13820, G0A28_16820, G0A32_13280, G0A39_15425, G0A43_20185, G0A44_17785, G0A46_16230, G0A50_13520, G0A51_13930, G0A52_15135, G0A53_12535, G0A58_12230, G0A60_12345, G0A61_12540, G0A63_11210, G0A66_13595, G0A67_22900, G0A70_12830, G0A73_17680, G0A76_09175, G0A79_14675, G0A88_05965, G0A92_06340, G0A96_05835, G0A97_12940, G0B03_06110, G0B05_02565, G0B07_02470, G0B08_03555, G0B12_00625, G0B96_06080, G0C03_02935, G0C04_06935, G0C34_08310, G0E15_12670, G0E20_13550, G0G84_08315, G0J24_04810, G0J26_08215, G0J27_13950, G0J28_05985, G0J31_03395, G0J33_04480, G0J34_09260, G0J36_06285, G0J37_09000, G0J40_07825, G0J43_04945, G0J44_09115, G0J45_06250, G0J46_06760, G0J47_08880, G0J49_07020, G0J50_09720, G0J51_07860, G0J53_02990, G0J55_05700, G0J58_03985, G0J59_16225, G0J62_15765, G0J65_11480, G0J66_02655, G0J67_05850, G0J69_02785, G0J71_02785, G0J73_12020, G0J76_02795, G0J79_08750, G0J81_05475, G0J82_07100, G0J85_05475, G0J89_11950, G0J92_11195, G0J94_12360, G0J96_10765, G0J97_15330, G0K00_17750, G0K02_08035, G0K03_06615, G0K04_18390, G0K05_22305, G0K07_02785, G0K10_07210, G0K13_05890, G0K15_04425, G0K16_11135, G0K18_14730, G0K19_03405, G0K20_00930, G0K23_06605, G0K25_00615, G0K26_09240, G0K28_12020, G0K30_06005, G0K31_02600, G0K32_20425, G0K33_05385, G0K37_00615, G0K38_10155, G0K39_00090, G0K41_19865, G0K42_08200, G0K44_09270, G0K46_05475, G0K47_18685, G0K48_11355, G0K49_12145, G0K52_13340, G0K53_13495, G0K56_11805, G0K58_10575, G0K59_12880, G0K61_08535, G0K65_06825, G0K68_04760, G0K70_16100, G0K72_03730, G0K74_20670, G0K75_06715, G0K78_17295, G0K80_13200, G0K83_05340, G0K84_13535, G0K85_10505, G0K88_002819, G0K89_003498, G0K90_000093, G0K94_002995, G0K95_000339, G0L00_000779, G0L02_000100, G0L03_16880, G0L06_01250, G0L07_01150, G0L10_19550, G0L14_03985, G0L15_16455, G0L18_02085, G0L19_18835, G0L20_10125, G0L24_13670, G0L25_22220, G0L29_22200, G0L31_11245, G0L32_09060, G0L34_21635, G0L35_22320, G0L36_21325, G0L37_21685, G0L38_21445, G0L40_16420, G0L42_19545, G0L48_20520, G0L49_19685, G0L51_15765, G0L52_21925, G0L55_15245, G0L59_23105, G0L62_16480, G0L63_14750, G0L65_23110, G0L67_22290, G0L68_14955, G0L70_08350, G0L73_13955, G0L76_22660, G0L77_11570, G0L78_15745, G0L79_12075, G0L83_21075, G0L86_003109, G0L88_16220, G0L89_22745, G0L91_15565, G0L93_19280, G0L96_03145, G0L98_19650, G0M00_23895, G0M05_22200, G0M06_004581, G0M10_05905, G0M13_004557, G0M14_22910, G0M16_01810, G0M18_003746, G0M21_21875, G0M22_004517, G0M25_004549, G0M26_23050, G0M27_17510, G0M28_13710, G0M29_004535, G0M30_23450, G0M33_09415, G0M35_12705, G0M36_23285, G0M38_22280, G0M39_09430, G0M41_10150, G0M45_10850, G0M46_002023, G0M48_002515, G0M53_10320, G0M55_14455, G0M56_24115, G0M58_25195, G0M63_15965, G0M65_15495, G0M67_11515, G0N45_04750, G0N48_08630, G0N51_12035, G0N53_03860, G0N55_07395, G0N57_03995, G0N58_04430, G0N59_10375, G0N60_09450, G0N61_05335, G0N62_04910, G0N64_07020, G0N65_05960, G0N66_09170, G0N67_07040, G0N71_08035, G0N75_10390, G0N78_06505, G0N82_06605, G0N84_07575, G0N85_03860, G0N86_11030, G0N88_07455, G0N89_06055, G0N90_07535, G0N92_16590, G0N94_07945, G0N95_15815, G0N98_20670, G0N99_03145, G0O00_03695, G0O03_07340, G0O10_06565, G0O14_22415, G0O15_13655, G0O18_14515, G0O19_09170, G0O20_06435, G0O22_05495, G0O25_08720, G0O27_07395, G0O31_07940, G0O32_05515, G0O36_06355, G0O37_08145, G0O39_05330, G0O40_13250, G0O41_07810, G0O42_07930, G0O43_08875, G0O44_05290, G0O47_08390, G0O52_07735, G0O55_07110, G0O57_07675, G0O58_09810, G0O59_14010, G0O60_09160, G0O63_04745, G0O66_13330, G0O68_07155, G0O70_08585, G0O71_08590, G0O74_07560, G0O75_07275, G0O77_08430, G0O78_08200, G0O80_07325, G0O81_03230, G0O82_10040, G0O84_08585, G0O85_05535, G0O86_10140, G0O87_07730, G0O88_03610, G0O89_05775, G0O92_08695, G0O93_04000, G0O94_13125, G0O97_02000, G0O99_13640, G0P00_14760, G0P01_18670, G0P02_06405, G0P05_12675, G0P06_08115, G0P08_08810, G0P12_13065, G0P13_05440, G0P17_06520, G0P18_07400, G0P19_05235, G0P24_21800, G0P26_08590, G0P28_08660, G0P30_08320, G0P31_10635, G0P36_13015, G0P37_01870, G0P41_15445, G0P44_03415, G0P45_06865, G0P48_07725, G0P49_00095, G0P52_05405, G0P53_00090, G0P56_09770, G0P57_08590, G0P58_04750, G0P63_20820, G0P65_04640, G0P67_09885, G0P68_07495, G0P69_00085, G0P73_13960, G0P75_01585, G0P76_03005, G1N61_05725, G1N64_05640, G1N66_05630, G1N68_05635, G1N71_05650, G1N72_05640, G1N86_05650, G1N87_05650, G1N91_06365, G1O00_02810, G1O02_05645, G1O04_05650, G1O05_05640, G1O08_05630, G1O10_07730, G1O12_05650, G1O16_05645, G1O17_05720, G1O18_05645, G1O20_05650, G1O23_05650, G1O25_05630, G1O26_05650, G1O27_05710, G1O28_05725, G1O29_05710, G1O32_05630, G1O34_05720, G1O38_06055, G1O40_05650, G1O43_05635, G1O46_02805, G1O48_05725, G1O49_05720, G1O51_05645, G1O53_05705, G1O62_05645, G1O63_05635, G1O65_05725, G1O67_07185, G1O68_05650, G1O69_05650, G1O71_08805, G1O72_05725, G1O76_05725, G1O77_05650, G1O80_05720, G1O81_05645, G1O83_05715, G1O84_05725, G1O87_05725, G1O88_05725, G1O89_05650, G1O90_05725, G1O93_05715, G1O94_05710, G1O96_05720, G1P02_05710, G1P03_05750, G1P06_05705, G1P09_03440, G1P10_05650, G1P12_05725, G1P14_00615, G1P15_07845, G1P17_05725, G1P19_05720, G1P23_05720, G1P24_05640, G1P25_05725, G1P26_05645, G1P29_05730, G1P31_05705, G1P35_05650, G1P36_05645, G1P37_05675, G1P40_02880, G1P44_05645, G1P45_05715, G1P47_05720, G1P48_05725, G1P51_05725, G1P52_05675, G1P53_05675, G1P54_05725, G1P55_05720, G1P56_05705, G1P57_05725, G1P58_05710, G1P59_05725, G1P61_08130, G1P64_05725, G1P67_05720, G1P69_05630, G1P72_13410, G1P75_05650, G1P76_05635, G1P78_03455, G1P83_03470, G1P84_05645, G1P87_05715, G1P90_05470, G1P91_05710, G1Q03_05645, G1Q08_04940, G1Q67_05715, G1Q78_05350, G1Q81_05720, G1Q83_05725, G1Q84_05380, G1Q85_05680, G1Q86_05635, G1Q88_02810, G1Q90_05710, G1Q91_05650, G1Q93_04705, G1Q96_05615, G1Q98_05650, G1Q99_05710, G1R01_05630, G1R02_02810, G1R03_05720, G1R04_05725, G1R08_05700, G1R13_05205, G1R15_04800, G1R20_03600, G1R21_05405, G1R22_02885, G1R23_03440, G1R27_05625, G1R28_05725, G1R29_05720, G1R30_05725, G1R31_05920, G1R36_05725, G1R38_05645, G1R40_02885, G1R42_02810, G1R44_05720, G1R45_07405, G1R47_03455, G1R48_12060, G1R51_05635, G1R53_05705, G1R63_05725, G1R69_00615, G1R87_03440, G1R93_05635, G1S02_05725, G2203_07765, G2212_09145, G2218_10300, G2221_14195, G2279_11805, G2290_12405, G2793_19520, G2918_13280, G2951_05970, G3221_002735, G3230_003661, G3231_002058, G3247_001662, G3248_001249, G3254_004653, G3263_002848, G3270_003483, G3275_000682, G3312_003008, G3336_001558, G3357_001614, G3369_004081, G3433_004108, G3460_000123, G3464_004578, G3593_001957, G3A35_05770, G3V06_000948, G3V14_003067, G3V17_000398, G3V21_003292, G3V56_000511, G3V57_001846, G3X03_001756, G4189_001013, G4190_000691, G4192_000764, G4198_000416, G4201_002053, G4202_001427, G4A01_003792, G4A73_001972, G4A83_004200, G4A85_000746, G4A87_001080, G4B68_002321, G4B72_002739, G4B74_000633, G4C74_000683, G4D32_002911, G4D46_002506, G4F88_00735, G4F89_00735, G4F91_00735, G4F92_00735, G4G47_002645, G4G62_000458, G4G67_002666, G4G68_004542, G4G75_001629, G4G76_001514, G4G79_002622, G4G97_002461, G4H00_000745, G4H04_004327, G4H07_002948, G4H08_004500, G4H18_000683, G4H21_000683, G4H24_000682, G4H63_001204, G4I66_003423, G4J07_001259, G4J08_002126, G4J11_000322, G4J12_004152, G4J18_001975, G4J20_003718, G4J37_004373, G4J39_002399, G4J41_003048, G4J45_002783, G4J90_001664, G4K02_004273, G4K03_000418, G4O54_000596, G4O56_001522, G4O59_000764, G4O60_000633, G4O67_000041, G4O69_001236, G4P29_001036, G4P83_001803, G4P85_000745, G4P89_004809, G4P91_001013, G4P93_003087, G4Q12_001877, G4Q28_000682, G4Q31_000680, G4Q50_002094, G4Q52_001753, G4Q59_002758, G4Q60_000745, G4Q63_002192, G4Q67_004686, G4Q94_004523, G4R01_000744, G4R15_002742, G4R16_000689, G4W68_002210, G4W73_000507, G4W86_000936, G4W87_000682, G4W88_000682, G4W91_000123, G4Y10_004041, G9269_000786, G9302_000745, G9304_001353, G9305_004644, G9309_002663, G9313_000745, G9314_001496, G9367_001426, G9381_000603, G9C24_000334, G9C41_000948, G9C46_000802, G9C47_000633, G9C49_001006, G9C57_000680, G9G03_000449, G9G04_003063, G9G34_003222, G9G36_000529, G9G45_003510, G9G50_002092, G9G62_002092, G9W19_001421, G9W28_001623, G9W45_000017, G9W52_003607, G9W63_003565, G9W65_000680, G9W79_002092, G9W95_000683, G9W96_002720, G9X40_003429, GB021_11805, GB040_12885, GB055_08210, GB076_09745, GB106_05695, GB114_08185, GB120_05320, GB122_13725, GB131_20140, GB139_06635, GB171_03895, GB209_07080, GB221_07630, GB224_01095, GB238_15545, GB280_05405, GB321_07280, GB331_06995, GB339_12970, GB342_04855, GB368_11975, GB372_06385, GB416_15230, GB452_13530, GB459_13980, GB466_11775, GB505_11655, GB510_13970, GB551_03965, GB567_11135, GB645_22820, GBS44_03685, GBS58_05785, GBV53_06255, GBV54_10700, GBV60_02695, GBW03_22605, GBW44_14690, GBW52_04290, GBW76_13525, GBX12_15580, GBX20_14710, GBX46_08050, GBX55_07405, GBX64_03720, GBY13_10985, GBY23_15105, GBY73_05835, GBZ51_22620, GBZ55_00335, GCZ80_14935, GEZ01_02745, GJE27_05415, GJE28_04290, GNA59_001887, GNA88_002670, GNA97_002817, GNA99_002384, GNB28_002467, GNB36_000576, GNB86_001140, GNC11_000679, GNC19_001022, GNC45_001117, GNC75_002181, GNC95_001257, GT380_05210, GTH60_03610, GTH62_23080, GTH63_08090, GTH66_08195, GTH67_12100, GTH68_08520, GTH70_15250, GTH72_08450, GTH73_05335, GTH75_06065, GTH77_01895, GTH78_08535, GTH79_23075, GTH81_13730, GTH85_08830, GTH87_09160, GTH89_15910, GTH90_13615, GTH91_19520, GTH93_08585, GTH94_05585, GTH99_10220, GXC51_05290, GXC56_05290, GXG40_05290, GYI58_10495, GYI62_000688, GYI77_08995, GYJ04_01855, GYJ24_05585, GYJ27_22050, GYJ28_001631, GYJ30_09795, GYJ32_11095, GYJ53_05720, GYJ59_05240, GYJ60_05710, H8S97_18910, KP44_05380, NG06_09070, R035_07705, SE14_03921, STMLT2P22_CBEKMEGD_04469, Z700_03325, ZV33_03350, ZX03_18590, ZY40_04845
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6I3Y9, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, 100 mM Sodium chloride, 6% MPD / PH範囲: 7.0 - 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 86865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 24.74
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 13719 / CC1/2: 0.979 / Rrim(I) all: 0.488 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1t3d

1t3d


解像度: 1.9→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.387 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18879 4344 5 %RANDOM
Rwork0.17122 ---
obs0.17211 82385 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5796 0 21 204 6021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9648043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.809313467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0155768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06823.816228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23515996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4871536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216693
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1893.5393090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.193.5393089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9535.2913852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9525.2913853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3694.0462841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.374.0472840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1975.8864192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.04428.7176751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04328.7176752
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.946 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 329 -
Rwork0.217 5806 -
obs--97.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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