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- PDB-7e3m: RORgamma LBD complexed with Panaxatriol and SRC2.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e3m
タイトルRORgamma LBD complexed with Panaxatriol and SRC2.2
要素
  • LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN
  • Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / nuclear receptor / IMMUNE SYSTEM - inhibitor complex / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HVL / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, Z.H. / Huang, J. / Lu, W.Q. / Tang, Y. / Wu, Z.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human RORgammat LBD with SRC2.2 at 2.80 Angstroms resolution
著者: Liu, Z.H. / Huang, J. / Wu, Z.R. / Tang, Y. / Lu, W.Q.
履歴
登録2021年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8083
ポリマ－29,3312
非ポリマー4771
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.446, 62.446, 159.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 28307.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド LYS-ILE-LEU-HIS-ARG-LEU-LEU-GLN


分子量: 1023.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-HVL / (3R,5R,6S,8R,9R,10R,12R,13R,14R,17S)-4,4,8,10,14-pentamethyl-17-[(2R)-2,6,6-trimethyloxan-2-yl]-2,3,5,6,7,9,11,12,13,15,16,17-dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,6,12-triol


分子量: 476.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H52O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 0.2M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979176 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 8384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.81-2.86260.3074190.9960.0610.3130.951100
2.86-2.9125.90.243900.9920.0480.2450.975100
2.91-2.9725.50.2154050.9950.0430.2190.978100
2.97-3.0325.60.1973920.9950.0390.20.983100
3.03-3.0925.50.1774060.9920.0360.1810.981100
3.09-3.1623.60.1474230.9950.0310.150.96100
3.16-3.2421.70.1193890.9970.0260.1220.99799.7
3.24-3.3324.70.114210.9980.0220.1121.012100
3.33-3.4326.80.0994070.9980.0190.1011.011100
3.43-3.5426.50.0814110.9980.0160.0830.986100
3.54-3.6726.10.0744140.9990.0150.0751.012100
3.67-3.8125.60.0644070.9990.0130.0650.976100
3.81-3.9925.60.0564180.9990.0110.0570.991100
3.99-4.225.10.0494250.9990.010.050.979100
4.2-4.4624.10.04641510.010.0470.954100
4.46-4.820.90.0414230.9990.0090.0420.93100
4.8-5.2924.90.0424240.9990.0080.0420.881100
5.29-6.0524.90.0434380.9990.0090.0440.832100
6.05-7.62230.0384510.9990.0080.0390.752100
7.62-5018.70.0315060.9990.0070.0310.70499.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XT9

4xt9


解像度: 2.8→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 12.712 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 385 4.6 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1974 7916 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.27 Å2 / Biso mean: 34.691 Å2 / Biso min: 16.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 34 18 2077
Biso mean--39.8 32.43 -
残基数----251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9762854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78934718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9945249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.60623.09397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.09815377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.591515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02510
LS精密化 シェル解像度: 2.802→2.874 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 25 -
Rwork0.213 552 -
all-577 -
obs--98.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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