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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+22 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloaddition | ||||||
要素 | Diels-Alderase fsa2 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / [4+2]-pericyclase / ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Equisetin / Diels-Alderase fsa2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Fusarium sp. (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, C.B. / Wang, Z.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of two pericyclases catalyzing [4+2] cycloaddition 著者: Chi, C.B. / Wang, Z.D. / Liu, T. / Zhang, Z.Y. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e22.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e22.ent.gz | 64.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e22_validation.pdf.gz | 763.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e22_full_validation.pdf.gz | 770.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7e22_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e22_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/7e22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7dmnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41118.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Fusarium sp. (strain FN080326) (菌類) 株: FN080326 / 遺伝子: fsa2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E4AYE7, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - |
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#2: 化合物 | ChemComp-HVF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 28% PEG 2000mme, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.3, 20 mM TEAOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978253 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978253 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 140821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 11809 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7DMN 解像度: 2.63→45.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.361 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.02 Å2 / Biso mean: 47.149 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.63→45.88 Å
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拘束条件 |
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