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万見
- PDB-7e1k: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1k
タイトルCrystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in space group R32
要素Capsid protein p24カプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 / Matrix protein (基質タンパク質) / Myo-inositol hexakisphosphate / Serial femtosecond X-ray crystallography / Ambient-temperature crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
フィチン酸 / Gag protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者DeMirci, H. / Senda, T. / Destan, E.
資金援助 米国, トルコ, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-1231306 米国
Other government118C270 トルコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in space group R32
著者: DeMirci, H. / Senda, T. / Destan, E.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7194
ポリマ－27,3992
非ポリマー1,3202
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.828, 97.828, 176.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / カプシド / Matrix protein p17 / Nucleocapsid protein p7


分子量: 13699.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2CJ20
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350 and 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.91 Å / Num. obs: 12979 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 263912
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4921.21.7072813313290.860.3791.7492.2100
8.98-48.9117.70.042496328010.010.04440.998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIXDEV-3318精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→39.1 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 621 4.8 %
Rwork0.2203 12310 -
obs0.2233 12931 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 191.88 Å2 / Biso mean: 51.1964 Å2 / Biso min: 18.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 126 97 2124
Biso mean--124.71 57.44 -
残基数----242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4002-2.64170.33931490.25443027100
2.6417-3.02390.27661530.24953051100
3.0239-3.80930.26461370.21293080100
3.8093-390.26851820.2063315299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0354-0.1273-0.31360.21110.19280.70730.02750.4988-0.238-0.1332-0.3038-0.4939-0.4790.3191-0.0090.220.04730.08550.3827-0.03260.5083-24.170673.15921.6768
20.68120.0891-0.38120.15240.23670.7198-0.68280.6895-0.6542-0.60760.8066-0.10280.7182-0.49480.02760.42960.00610.05320.26970.05780.484-32.754862.615321.4904
30.6844-0.18720.20370.82030.42490.17960.05820.372-0.525-0.71780.00130.66810.16060.15060.03050.393-0.01280.0410.3401-0.00720.2786-36.879578.33718.9487
40.7397-0.6851-0.52380.8690.27150.55190.4532-0.1990.42020.2276-0.253-0.0926-0.56360.48090.01160.29330.02390.01730.223-0.03010.4136-35.006181.877230.7974
50.4334-0.4159-0.05940.8769-0.31440.07530.1087-0.2473-0.46420.21070.01730.13710.0869-0.1459-00.23590.009-0.02530.2639-0.02430.2396-38.856973.020229.4561
60.50070.358-0.19890.29130.02491.8872-0.1572-0.20470.3130.0168-0.2726-0.93910.82890.3852-0.05450.2840.1003-0.09090.3834-0.07360.4723-26.350165.40432.34
70.1834-0.04040.23450.0244-0.04340.27360.2404-0.00930.14340.12420.0388-0.09130.09220.5220.02480.29020.04320.07320.3114-0.04220.2489-33.756266.21337.1825
80.7755-0.4939-0.28390.4899-0.00340.2173-0.1942-0.00630.01330.26320.0218-0.3450.37880.311-0.00390.5949-0.05740.02580.59730.08430.6246-31.419474.520353.6288
91.0021-0.2060.09120.0825-0.24370.7467-0.023-0.268-0.9260.46630.37941.21460.533-0.05680.04770.4453-0.02460.04190.38550.11580.5631-50.812656.782268.4095
100.75840.32890.35550.41930.29240.86970.0085-1.41980.0072-0.27790.23760.52530.64220.54770.0390.33250.0380.01790.3712-0.02130.2791-37.683159.53268.9464
111.5405-0.83940.59550.7407-0.49320.2827-0.4422-0.45570.40250.12720.0156-0.4334-0.1177-0.1471-0.08570.37520.0335-0.04510.2969-0.0410.2259-49.327970.841971.2255
120.4476-0.00650.16720.3608-0.2530.45080.00430.0540.2963-0.00560.00120.8079-0.0380.04460.00150.3093-0.0128-0.04840.32490.00250.323-53.213571.175859.4386
130.40940.1046-0.28810.2894-0.00920.0777-0.11030.09210.3541-0.22240.1454-0.13820.1217-0.0532-0.00040.3673-0.0113-0.02160.2448-0.040.3272-43.652370.169660.854
140.5792-0.3597-0.14760.3176-0.16290.69240.4429-0.3388-0.2222-0.2659-0.58970.37760.73110.14340.01670.72310.13450.10240.3002-0.05980.5615-43.1455.498658.0751
150.15530.09310.18330.03150.16890.33230.4517-0.072-0.09970.17810.50870.10.4915-0.21520.0050.44320.01960.05170.3768-0.00120.3173-40.098462.393153.3492
160.4058-0.3825-0.10920.40.13030.0784-0.0830.1291.28340.34060.01990.04661.05961.16870.00560.57470.0055-0.0250.49940.2870.509-48.918864.777137.0279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 17 )A2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 30 )A18 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 42 )A31 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 64 )A43 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 65 through 89 )A65 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 95 )A90 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 106 )A96 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 107 through 121 )A107 - 122
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 17 )B2 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 18 through 30 )B18 - 30
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 31 through 42 )B31 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 43 through 64 )B43 - 64
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 65 through 89 )B65 - 89
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 90 through 95 )B90 - 95
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 96 through 106 )B96 - 106
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 107 through 122 )B107 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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