PDB-7e0v: GDPD from Pyrococcus furiosus DSM 3638

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e0v

タイトル

GDPD from Pyrococcus furiosus DSM 3638

要素

Glycerophosphodiester phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / Glycerophosphate phosphodiesterase / Hydrolysis / glycerophosphorylcholine / lysophosphorylcholine

機能・相同性

Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding / Glycerophosphodiester phosphodiesterase

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bomgl, a monoacylglycerol lipase from marine Bacillus
著者: Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e0v.cif.gz	372.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e0v.ent.gz	254.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e0v_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e0v_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	7e0v_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	7e0v_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e04C 7eoaC 4oecS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e0v-2 4oec-3 4oec-1 7e2a-d 5qb0-4 5qaa-2 2q17-3 5qad-1 2jtt-d 4s2j-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

C: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycerophosphodiester phosphodiesterase

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.330, 45.870, 96.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.144, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycerophosphodiester phosphodiesterase 分子量: 29418.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZI9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Hepes (pH 7.5), 25% w/v PEG3350, 0.2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→66.44 Å / Num. obs: 68423 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.43 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / Num. unique obs: 4817 / CC_1/2: 0.654

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OEC

4oec

解像度: 1.65→66.44 Å / SU ML: 0.1458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7406
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	2000	2.93 %
R_work	0.1573	66363	-
obs	0.1583	68363	96.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→66.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4066	0	0	415	4481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0167	4130
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4296	5571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0872	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0167	705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8779	546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.2564	132	0.2325	4500	X-RAY DIFFRACTION	93.26
1.69-1.74	0.2214	143	0.2028	4619	X-RAY DIFFRACTION	95.35
1.74-1.79	0.2097	136	0.183	4491	X-RAY DIFFRACTION	92.37
1.79-1.85	0.2204	134	0.1694	4726	X-RAY DIFFRACTION	96.6
1.85-1.91	0.1915	150	0.1605	4723	X-RAY DIFFRACTION	97.36
1.91-1.99	0.2178	141	0.1541	4728	X-RAY DIFFRACTION	97.42
1.99-2.08	0.1802	149	0.147	4741	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.08-2.19	0.1661	145	0.1454	4781	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.19-2.33	0.1834	139	0.1471	4780	X-RAY DIFFRACTION	97.85
2.33-2.51	0.1793	144	0.1493	4765	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.51-2.76	0.1864	143	0.1562	4842	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.76-3.16	0.2102	151	0.1614	4831	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.16-3.98	0.189	148	0.1556	4883	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.98-66.44	0.1867	145	0.1551	4953	X-RAY DIFFRACTION	97.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4760085168	-0.301350007384	0.248663012413	1.45431745509	-0.0344414491026	1.78534539896	0.0266652859291	0.024520957834	-0.0457722223216	0.0634586543154	0.0192478190623	-0.150886873143	0.144804503623	0.15111660014	-0.0476783937381	0.19766706491	0.0249695354605	-0.00197480527398	0.170397467661	-0.0140858906549	0.19937896538	-11.4027948325	4.44119796651	3.99328513672
2	1.81641518434	-0.00608934318942	0.288230744576	1.53350251569	0.0431607911922	0.91043048593	0.0126726039137	0.18337315558	0.0595453710643	-0.146567286363	-0.00438647201785	0.0283294525441	-0.00752462788985	-0.001713169658	-0.0202178285234	0.195698575568	0.00217475856728	0.00644589889538	0.153624936549	0.0184562539904	0.138635534715	-25.4048260025	9.57862887066	-7.5391644423
3	1.62741022458	0.630433503163	-0.149551907014	1.98320659454	-0.14274576708	1.70230939417	-0.148249559667	0.424174169139	0.13611808585	-0.306707432906	0.229209218922	0.320152639195	0.170072948294	-0.123306763603	-0.0626638884021	0.240649660516	-0.0717992990265	-0.0385834628734	0.371910241275	0.0325296751202	0.252709831825	-7.31357015316	-9.11473096815	-50.5198072749
4	2.0247239941	0.712596850257	-0.0146119100186	1.52777646828	-0.159551244013	0.968920330637	0.0166356621456	0.0732602665429	0.201552057825	-0.0150627745202	0.0452141624739	0.13109995018	-0.0201244865221	-0.049178486476	-0.0621798580796	0.17203356188	0.00350692202184	0.0178432280717	0.178291347245	-0.00351139630236	0.183829734282	2.87214358278	-2.48921838576	-39.9893486228

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 127 )	A	A	3 - 127	1 - 125
2	2	chain 'A' and (resid 128 through 253 )	A	A	128 - 253	126 - 251
3	3	chain 'C' and (resid 3 through 94 )	C	B	3 - 94	1 - 92
4	4	chain 'C' and (resid 95 through 253 )	C	B	95 - 253	93 - 251

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)