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- PDB-7dy3: High resolution crystal structure of hemoglobin M Iwate. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dy3
タイトルHigh resolution crystal structure of hemoglobin M Iwate.
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Abnormal Hemoglobin / Allosteric proteins / Oxygen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ohki, M. / Park, S.-Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution crystal structure of hemoglobin M Iwate.
著者: Nagatomo, S. / Naoya, S. / Ohki, M. / Park, S.Y.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,19416
ポリマ－124,2628
非ポリマー4,9328
水36,1562007
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5978
ポリマ－62,1314
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5978
ポリマ－62,1314
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.494, 86.275, 121.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.247, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15175.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25%w/v PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH buffer, 0.2M lithium sulfate, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→13.08 Å / Num. obs: 228772 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 862680 / CC1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dn2

2dn2


解像度: 1.4→13.08 Å / SU ML: 0.1251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.1143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 11347 5.01 %
Rwork0.1683 215013 -
obs0.1695 226360 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→13.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8776 0 344 2007 11127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00589408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.108412912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06581400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.83261264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.27963630.24956934X-RAY DIFFRACTION94.82
1.42-1.430.26563670.24526982X-RAY DIFFRACTION95.06
1.43-1.450.23983860.22686982X-RAY DIFFRACTION95.39
1.45-1.470.25333350.21997090X-RAY DIFFRACTION95.56
1.47-1.490.22143750.20596995X-RAY DIFFRACTION95.9
1.49-1.510.23363660.2027014X-RAY DIFFRACTION95.82
1.51-1.530.23793500.19487077X-RAY DIFFRACTION95.97
1.53-1.550.22264090.19067012X-RAY DIFFRACTION96.29
1.55-1.580.22953610.18517168X-RAY DIFFRACTION96.61
1.58-1.60.20493940.17547022X-RAY DIFFRACTION96.44
1.6-1.630.20343560.17487151X-RAY DIFFRACTION96.71
1.63-1.660.21063730.1727086X-RAY DIFFRACTION96.64
1.66-1.690.21153660.16847063X-RAY DIFFRACTION96.54
1.69-1.730.20253650.16897152X-RAY DIFFRACTION96.88
1.73-1.760.20643730.17417099X-RAY DIFFRACTION96.84
1.76-1.80.19794020.1697104X-RAY DIFFRACTION97.05
1.8-1.850.18783420.16957167X-RAY DIFFRACTION97.1
1.85-1.90.20723860.16537159X-RAY DIFFRACTION97
1.9-1.950.18823860.16467175X-RAY DIFFRACTION97.39
1.95-2.020.1933850.16187168X-RAY DIFFRACTION97.65
2.02-2.090.18683970.14977229X-RAY DIFFRACTION98.1
2.09-2.170.17164060.14657228X-RAY DIFFRACTION98.48
2.17-2.270.18633760.15947263X-RAY DIFFRACTION98.82
2.27-2.390.18023670.15717333X-RAY DIFFRACTION99.51
2.39-2.540.18063950.16297361X-RAY DIFFRACTION99.56
2.54-2.730.19333590.17017347X-RAY DIFFRACTION99.57
2.73-3.010.19333900.16817357X-RAY DIFFRACTION99.59
3.01-3.430.17783900.16527427X-RAY DIFFRACTION99.91
3.43-4.30.1584200.14057389X-RAY DIFFRACTION99.82
4.3-13.080.17774070.16067479X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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